Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,116,827 C→T 47.8% G234G (GGC→GGT)  aroH → 3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,116,8270CT47.8% 9.0 / 79.6 94G234G (GGC→GGT) aroH3‑deoxy‑D‑arabino‑heptulosonate‑7‑phosphate synthase, tryptophan repressible
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (35/14);  new base T (18/27);  total (53/41)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.38e-03
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

CAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATA  >  minE/1116771‑1116876
                                                        |                                                 
cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc                                        <  1:594927/68‑1 (MQ=255)
cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc                                        <  1:1743950/68‑1 (MQ=255)
cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc                                        <  1:382048/68‑1 (MQ=255)
cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc                                        <  1:1312351/68‑1 (MQ=255)
cAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAcc                                        <  1:1472620/68‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:1904963/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:1722932/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:1627607/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:1817985/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:1822553/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:189163/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:3271945/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:2358432/69‑1 (MQ=255)
      aCCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:2434237/69‑1 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:2134589/63‑1 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:984605/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:3217497/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:3325426/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:2894151/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:2163547/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:2189850/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:1794457/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:2684826/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:1187980/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:878254/1‑69 (MQ=255)
            tATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGcc                           >  1:848131/1‑69 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:2840416/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:936232/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:2075778/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:1030596/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:971625/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:3011795/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:2260647/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:1966634/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:1194314/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:821025/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:2734191/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:2691171/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:1510537/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:67277/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:404974/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:710046/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAAACGAATTa                                  >  1:726642/1‑58 (MQ=255)
                aGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTAGCAAAAAACCGAATTa                                  >  1:1348510/1‑58 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACTTTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 >  1:1458428/1‑56 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 >  1:2676755/1‑56 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 >  1:2940578/1‑56 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 >  1:1480744/1‑56 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 >  1:816647/1‑56 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 >  1:1767173/1‑56 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCgatgat                     <  1:2137351/68‑1 (MQ=255)
                   ccAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCgatgat                     <  1:2272090/68‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:922302/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:3176327/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:3219387/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:791546/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:2171675/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:2474696/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1711150/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1363406/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1958599/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1964005/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1999840/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1357974/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:20328/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:2044558/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:216228/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:2359763/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1240993/69‑1 (MQ=255)
                    cAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:2466477/69‑1 (MQ=255)
                     aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1292640/68‑1 (MQ=255)
                     aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:1420543/68‑1 (MQ=255)
                     aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGatat                   <  1:2478594/68‑1 (MQ=255)
                     aGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGTGGCAAAAAACCGAATTATCATCCCGATGatat                   <  1:3009306/68‑1 (MQ=255)
                      gCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTAt                                 <  1:932178/53‑1 (MQ=255)
                           aaCCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCa            <  1:137340/69‑1 (MQ=255)
                           aaCCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCa            >  1:1706743/1‑69 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTTTGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:180852/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATTCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:1504426/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGTCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:2408774/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:1503894/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:1823560/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:1669851/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:609884/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:3225452/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:2030757/1‑47 (MQ=255)
                                   tGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCg                          >  1:2717863/1‑47 (MQ=255)
                                     gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATcg                 >  1:376207/1‑54 (MQ=255)
                                     gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa  >  1:1643652/1‑69 (MQ=255)
                                     gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa  >  1:1745754/1‑69 (MQ=255)
                                     gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa  >  1:1907610/1‑69 (MQ=255)
                                     gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa  >  1:3014437/1‑69 (MQ=255)
                                     gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa  >  1:2988240/1‑69 (MQ=255)
                                     gCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATa  >  1:1077869/1‑69 (MQ=255)
                                                        |                                                 
CAGATGACCATCTATCAGACCAGCGGCAACCCGTATGGCCACATTATTATGCGTGGCGGCAAAAAACCGAATTATCATGCCGATGATATCGCCGCAGCCTGCGATA  >  minE/1116771‑1116876

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A