Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,138,871 |
T→C |
36.2% |
L83L (TTA→CTA) |
ydjN → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,138,871 | 0 | T | C | 36.2%
| 60.4
/ 63.6
| 102 | L83L (TTA→CTA) | ydjN | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (20/45); new base C (11/26); total (31/71) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
TTCTGTACAGTGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAG > minE/1138804‑1138928
|
ttCTGTACAGTGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGtt < 1:2803504/69‑1 (MQ=255)
ttCTGTACAGTGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGtt < 1:744157/69‑1 (MQ=255)
ttCTGTACAGTGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGtt < 1:3158600/69‑1 (MQ=255)
ttCTGTACAGTGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGtt < 1:2086299/69‑1 (MQ=255)
ttCTGTACAGTGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGtt < 1:2765010/69‑1 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTc > 1:345599/1‑68 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTc > 1:1519625/1‑68 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:2770344/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:238680/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:303859/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:1743042/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:1654307/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:3264521/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:1563498/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:3275686/1‑69 (MQ=255)
tACAGTGGTTTAACATTGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGCTAGTCt > 1:691849/1‑69 (MQ=255)
tGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:1481017/69‑1 (MQ=255)
tGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:2983915/69‑1 (MQ=255)
tGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:214613/69‑1 (MQ=255)
tGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:809406/69‑1 (MQ=255)
tGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:2456947/69‑1 (MQ=255)
tGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:1312222/69‑1 (MQ=255)
tGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:45384/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTc < 1:1506743/61‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:2850109/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:318363/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:2750978/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:711681/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:314422/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:2994618/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:1420689/69‑1 (MQ=255)
gTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCctc < 1:290632/69‑1 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:2777086/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:2125511/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:3373224/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:1311255/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:1304063/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:2461889/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:823163/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:2671761/1‑69 (MQ=255)
tAACATCGTTGGTAACGGCTATGTACAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt > 1:904308/1‑69 (MQ=255)
aCATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGtt < 1:1876424/52‑1 (MQ=255)
tCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGcc < 1:216474/59‑1 (MQ=255)
gTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAgc > 1:446306/1‑69 (MQ=255)
ggTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGcgcg < 1:679785/69‑1 (MQ=255)
cAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTAAGCGCGGTTGCCCGTCTGCAt < 1:2901301/69‑1 (MQ=255)
cAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTAAGCGCGGTTGCCCGTCTGCAt < 1:1162500/69‑1 (MQ=255)
gctgcATATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:2872862/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:547759/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:2723256/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:2504168/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:2664301/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:1577122/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:1927631/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:1560837/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:2500640/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:1399700/39‑1 (MQ=255)
gctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACg > 1:2506279/1‑68 (MQ=255)
ctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:2744382/38‑1 (MQ=255)
ctgcAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTAt < 1:1856525/38‑1 (MQ=255)
aaTGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCAtctc < 1:2731030/68‑1 (MQ=255)
aaTGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCAtctc < 1:2369912/68‑1 (MQ=255)
aaTGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCAtctc < 1:1284359/68‑1 (MQ=255)
gATCGTTTTGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:3414594/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1282681/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1786697/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1782781/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:2958167/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:201501/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:3289046/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:3278762/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1540576/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1529621/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:105743/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1070443/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1372711/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:585699/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1265766/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:2528296/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:261975/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1968693/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:2050587/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:2125410/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:2623894/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1599346/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:241745/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:241871/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:274494/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1011380/69‑1 (MQ=255)
gATCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGAGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:3197884/69‑1 (MQ=255)
aTCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTa < 1:226349/69‑1 (MQ=255)
aTCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTa < 1:2236626/69‑1 (MQ=255)
aTCGTTATGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTa < 1:1639094/69‑1 (MQ=255)
cGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAg > 1:890052/1‑68 (MQ=255)
cGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAg > 1:2571770/1‑68 (MQ=255)
cGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAg > 1:1083917/1‑68 (MQ=255)
cGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAg > 1:1423129/1‑68 (MQ=255)
cGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAg > 1:392245/1‑68 (MQ=255)
cGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAg > 1:2998302/1‑68 (MQ=255)
aTGCCGCTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGtt < 1:1056902/62‑1 (MQ=255)
|
TTCTGTACAGTGGTTTAACATCGTTGGTAACGGCTATGTTCAACTGCTGCAAATGATCGTTATGCCGTTAGTCTTCGCCTCTATTCTGAGCGCGGTTGCCCGTCTGCATAACGCATCTCAGTTAG > minE/1138804‑1138928
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
