Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,153,175 |
G→C |
36.0% |
Q48E (CAG→GAG) |
spy ← |
envelope stress induced periplasmic protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,153,175 | 0 | G | C | 36.0%
| 49.6
/ 49.3
| 61 | Q48E (CAG→GAG) | spy | envelope stress induced periplasmic protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (6/33); new base C (14/8); total (20/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.95e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGT > minE/1153111‑1153238
|
aTGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATg < 1:80670/68‑1 (MQ=255)
aTGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATg < 1:1291147/68‑1 (MQ=255)
gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGTTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:2981408/68‑1 (MQ=255)
gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1139781/68‑1 (MQ=255)
gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1063965/68‑1 (MQ=255)
gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:2160546/68‑1 (MQ=255)
gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1323179/68‑1 (MQ=255)
gcgGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:448680/68‑1 (MQ=255)
ggATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGGTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:1593531/66‑1 (MQ=255)
tCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGc < 1:1939222/69‑1 (MQ=255)
ctgctgTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGcc > 1:1546706/1‑69 (MQ=255)
tGCGCGGCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGa < 1:746470/52‑1 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCtttat > 1:70812/1‑61 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:95937/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:630640/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:659087/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3201108/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3092703/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:3074231/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2999221/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:753645/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:262395/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2449787/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:2332292/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:1369414/1‑68 (MQ=255)
gcgcGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGc > 1:1404990/1‑68 (MQ=255)
aggttcaggtCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTc > 1:90849/1‑69 (MQ=255)
tcaggtCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTcg > 1:2957181/1‑66 (MQ=255)
tcaggtCTATGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCatcatc > 1:128455/1‑59 (MQ=255)
tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:3212581/69‑1 (MQ=255)
tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2379621/69‑1 (MQ=255)
tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2593092/69‑1 (MQ=255)
tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2400477/69‑1 (MQ=255)
tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:3261856/69‑1 (MQ=255)
tttGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCgg < 1:2992564/69‑1 (MQ=255)
tGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGtg > 1:3080426/1‑69 (MQ=255)
catGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGt > 1:2318355/1‑69 (MQ=255)
gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:356488/69‑1 (MQ=255)
gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:2425400/69‑1 (MQ=255)
gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:729909/69‑1 (MQ=255)
gTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:906374/69‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTTCGGTAg < 1:1931766/68‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:2057650/68‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:158951/68‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:555549/68‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:626831/68‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:946727/68‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:2676376/68‑1 (MQ=255)
gTCCTCATGCGGACCGAACTTGCCTTTATGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAg < 1:725069/68‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:889364/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1244604/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1305398/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1225528/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:1509446/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3294378/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3172883/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2239846/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2676748/42‑1 (MQ=255)
tCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAgt < 1:3298551/68‑1 (MQ=255)
ccTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:3074959/41‑1 (MQ=255)
ccTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGc < 1:2088231/41‑1 (MQ=255)
|
ATGATTTCGCGGATCTGCTGTTTCTGCGCGTCGGTCAGGTTCAGGTCTTTGAACATCATGTCCTGATGCGGACCGAACTTGCCTTTGTGGTGCATCATCGGCTTCGCGTCAGCCGGTGCTGCGGTAGT > minE/1153111‑1153238
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
