Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,214,890 |
A→G |
100% |
L233L (TTA→TTG) |
yebQ → |
predicted transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,214,890 | 0 | A | G | 76.5%
| 93.5
/ 21.4
| 72 | L233L (TTA→TTG) | yebQ | predicted transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/17); new base G (30/25); total (30/42) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTC > minE/1214822‑1214952
|
aatgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:2557116/66‑1 (MQ=255)
aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGTGGCAATCGCTGACGTTa < 1:1006631/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:2114747/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:1914456/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:1003137/69‑1 (MQ=255)
aaCGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:701337/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGTGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1267012/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2080177/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2030825/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:90212/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:959485/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2259866/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:266490/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2678191/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:274220/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1452239/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:2872875/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:99372/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1260317/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:3263709/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1221841/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1076110/69‑1 (MQ=255)
cgcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:1050273/69‑1 (MQ=255)
gcgTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:515332/68‑1 (MQ=255)
gTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCGCAGGGGCAATCGCTGACGTTa < 1:65573/64‑1 (MQ=255)
gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTggtggt < 1:2171677/69‑1 (MQ=255)
gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGAt < 1:111835/51‑1 (MQ=255)
gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:80977/69‑1 (MQ=255)
gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:3436346/69‑1 (MQ=255)
gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:519088/69‑1 (MQ=255)
gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:1536936/69‑1 (MQ=255)
gCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggtggt < 1:1910301/69‑1 (MQ=255)
tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1120498/67‑1 (MQ=255)
tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1812433/67‑1 (MQ=255)
tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1850826/67‑1 (MQ=255)
tATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTa < 1:1855532/67‑1 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCATGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1238490/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCTCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2772793/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAAt > 1:3107631/1‑62 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1174985/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:338955/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:3373172/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:3272082/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:449732/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:521238/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:457155/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:602282/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:292362/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:213875/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1405221/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2876250/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1416430/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2799774/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1686623/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1782913/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2612941/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2595388/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:713483/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2416433/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:769784/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:1878553/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2165578/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2140349/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:889924/1‑66 (MQ=255)
gCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCGGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:996699/1‑66 (MQ=255)
gCGGTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTGGTGGTAATGgtt > 1:2827964/1‑66 (MQ=255)
ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:3248849/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:3003580/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:2888901/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:2524252/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:1884929/69‑1 (MQ=255)
gTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:838935/68‑1 (MQ=255)
gTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTAtt < 1:1377359/68‑1 (MQ=255)
tCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTTCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTa < 1:2356581/68‑1 (MQ=255)
gCAATCGCTGACATTGATTGGTGCGGAACTggttgt < 1:1375239/36‑1 (MQ=16)
gACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:749560/69‑1 (MQ=255)
gACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:2294068/69‑1 (MQ=255)
gACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:1970336/69‑1 (MQ=255)
aCGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTtc < 1:2022986/68‑1 (MQ=255)
|
AACGCGTTAACCTTCGGCCTGCTTATCACTGCGTTGAGTGGTTTCGCTCAGGGGCAATCGCTGACGTTAATTGCTGCGGAACTGGTGGTAATGGTTGTTGTTGGTATTTTCTTTATTCGCCGCCAGCTTTC > minE/1214822‑1214952
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
