Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,335,308 |
C→T |
43.4% |
P163P (CCG→CCA) |
fcl ← |
bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,335,308 | 0 | C | T | 43.4%
| 31.6
/ 74.9
| 99 | P163P (CCG→CCA) | fcl | bifunctional GDP‑fucose synthetase: GDP‑4‑dehydro‑6‑deoxy‑D‑mannose epimerase and GDP‑4‑dehydro‑6‑L‑deoxygalactose reductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/19); new base T (27/16); total (64/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.33e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCG > minE/1335250‑1335371
|
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGAc > 1:2056457/1‑67 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACt > 1:1478679/1‑68 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACt > 1:2299433/1‑68 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1054953/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1766269/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:3368501/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:2072468/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:3060390/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:134735/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:2213662/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1006210/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTg > 1:1186095/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACt > 1:646891/1‑68 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACt > 1:2403459/1‑68 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACt > 1:3154235/1‑68 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1640568/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:493716/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1991253/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1137935/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:852947/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:2110656/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:315185/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:1177019/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:2306143/1‑69 (MQ=255)
cTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTg > 1:2947594/1‑69 (MQ=255)
ggATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGc > 1:1342576/1‑69 (MQ=255)
aTGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAAt < 1:2761942/68‑1 (MQ=255)
aTGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAAt < 1:1781902/68‑1 (MQ=255)
gCGAATTACTCGTGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:49830/69‑1 (MQ=255)
gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:1769431/69‑1 (MQ=255)
gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:1741139/69‑1 (MQ=255)
gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:898596/69‑1 (MQ=255)
gCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgc < 1:775713/69‑1 (MQ=255)
cGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgcg > 1:3315884/1‑69 (MQ=255)
cGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATcgcg > 1:1570966/1‑69 (MQ=255)
ttACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCg < 1:2952946/69‑1 (MQ=255)
aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTTAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:1874444/1‑69 (MQ=255)
aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGTTAATCGCGTCCGTa > 1:3420444/1‑69 (MQ=255)
aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:2479949/1‑69 (MQ=255)
aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:1205501/1‑69 (MQ=255)
aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:678041/1‑69 (MQ=255)
aCTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTa > 1:598670/1‑69 (MQ=255)
gTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTaa > 1:1280809/1‑43 (MQ=255)
gTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTaag > 1:1477711/1‑66 (MQ=255)
gTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGa > 1:96098/1‑69 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCTTGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:679677/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:53927/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:3419056/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2779807/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:911019/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2581422/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:98293/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1582519/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2021859/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2109037/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1992320/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1688917/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1293657/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:2415975/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1211684/68‑1 (MQ=255)
gtgtGGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:1118881/68‑1 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACt > 1:482735/1‑50 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2587096/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1373499/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:241804/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1713161/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1872411/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2159708/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1874419/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:1155977/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2430475/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTTGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:3315893/1‑66 (MQ=255)
tgGCCCGTACAGGTCGGTTGGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGATTca > 1:2687832/1‑66 (MQ=255)
ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGCCTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGca > 1:2347365/1‑68 (MQ=255)
ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGcac > 1:2456599/1‑69 (MQ=255)
ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGcac > 1:578003/1‑69 (MQ=255)
ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGcac > 1:2818816/1‑69 (MQ=255)
ggCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGACTCGcac > 1:2987696/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGTCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:3346218/69‑1 (MQ=255)
cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:189013/69‑1 (MQ=255)
cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:2687609/69‑1 (MQ=255)
cAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGAt < 1:1669883/69‑1 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:3401265/1‑66 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2452704/1‑66 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:915129/1‑66 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:2563964/66‑1 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:1261894/66‑1 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:699174/66‑1 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:2907685/66‑1 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:2301948/66‑1 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2949663/1‑66 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:59374/1‑66 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2222928/1‑66 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa > 1:2153055/1‑66 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:3218970/66‑1 (MQ=255)
ggTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGa < 1:440470/66‑1 (MQ=255)
gttggttgGCATGACTGAGCGGTAATCCCGTCCGTACTGGCGGTTGTAAGAtt < 1:577425/53‑1 (MQ=255)
tGGTCGGCATGACTTAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCg > 1:1097152/1‑68 (MQ=255)
tGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCg > 1:2179650/1‑68 (MQ=255)
tGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCg > 1:3293797/1‑68 (MQ=255)
|
CTGGGATCACATGCGAATTACTCGGGTGGAAGTTGTCGTGTGGCCCGTACAGGTTGGTCGGCATGACTGAGCGGTAATCGCGTCCGTACTGGCGGTTGTATGATTCGCACAGTTTGATCCCG > minE/1335250‑1335371
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
