Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F1 I0 R1	4577	57.4	3436498	77.7%	2670158	63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,347,872	G→A	32.7%	E455E (GAG→GAA)	yegH →	fused predicted membrane proteins

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,347,872	0	G	A	32.7%	112.6 / 66.2	128	E455E (GAG→GAA)	yegH	fused predicted membrane proteins
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/46); new base A (20/22); total (60/68)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01

Only 100 of 129 total aligned reads displayed.

ATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTG  >  minE/1347814‑1347938

aTGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTTGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:2752657/69‑1 (MQ=255)

aTGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:2721094/69‑1 (MQ=255)

aTGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:2017873/69‑1 (MQ=255)

aTGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:669016/69‑1 (MQ=255)

 tGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:3301663/68‑1 (MQ=255)

 tGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:535193/68‑1 (MQ=255)

 tGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGATGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:2786594/68‑1 (MQ=255)

     atTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAata                                                      <  1:110924/68‑1 (MQ=255)

     atTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAata                                                      <  1:2556778/68‑1 (MQ=255)

     atTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAata                                                      <  1:1650647/68‑1 (MQ=255)

     atTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAata                                                      <  1:2246766/68‑1 (MQ=255)

     atTCAGAAGAATGCGAACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAata                                                      <  1:1198696/68‑1 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGTTGCAATAtg                                                    >  1:2227213/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAatat                                                     >  1:2257696/1‑68 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAata                                                      <  1:547930/67‑1 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAata                                                      <  1:2135841/67‑1 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:904323/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:2503376/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:203583/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:2791878/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:2211264/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:590898/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:2673615/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:2669662/1‑69 (MQ=255)

      ttCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtg                                                    >  1:2636617/1‑69 (MQ=255)

        cAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtgtg                                                  >  1:3003243/1‑69 (MQ=255)

        cAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtgtg                                                  >  1:2660075/1‑69 (MQ=255)

        cAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtgtg                                                  >  1:846779/1‑69 (MQ=255)

        cAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtgtg                                                  >  1:1332545/1‑69 (MQ=255)

        cAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATAtgt                                                   >  1:1644523/1‑68 (MQ=255)

                tGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGtgccgctgcc                                          >  1:448217/1‑69 (MQ=255)

                tGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGtgccgctgcc                                          >  1:1722221/1‑69 (MQ=255)

                          tCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGa                                 >  1:1203761/1‑68 (MQ=255)

                          tCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGa                                 >  1:3153089/1‑68 (MQ=255)

                          tCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGa                                 >  1:2061112/1‑68 (MQ=255)

                          tCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGa                                 >  1:2415955/1‑68 (MQ=255)

                          tCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGa                                 >  1:2278908/1‑68 (MQ=255)

                           ccTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGaaa                               <  1:1730987/69‑1 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:1144113/39‑1 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGaaaaa                             <  1:1455698/68‑1 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATAtgtggc                                                >  1:2109863/1‑47 (MQ=39)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:2594975/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:679796/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:716483/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:2896519/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:60129/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:2695628/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:50654/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:2781723/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:396362/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:1043969/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:1762872/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:2046220/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:2279956/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:2445664/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGtgcc                                                >  1:18662/1‑49 (MQ=255)

                              ggACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTCCAATATGtgcc                                                >  1:751271/1‑49 (MQ=39)

                              ggACGGCGAATGGTAATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGaaaaa                             <  1:891906/68‑1 (MQ=255)

                               gACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGc                                                          <  1:640814/38‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGCTGAAAAACGTg                         <  1:3080474/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:3373457/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:3353772/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:41251/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1321217/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:330269/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:191026/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1977859/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:655291/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2921806/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2070848/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2182038/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:109776/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1017268/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2664239/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2485816/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2586205/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGTTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1489253/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:249566/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1137934/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1168592/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:551066/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:756095/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:3430136/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2332885/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1876436/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:3098738/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:3094706/69‑1 (MQ=255)

                                 cGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGCAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:1927758/69‑1 (MQ=255)

                                    cGAATGGTCATATGCCGCTGGAAGATCTGGTGGAATATGTGCCGTTGCCGCTGGATGAAAAACGTg                         <  1:2271907/66‑1 (MQ=255)

                                          gTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATcac                 >  1:1167545/1‑68 (MQ=255)

                                          gTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATcac                 >  1:2858808/1‑68 (MQ=255)

                                          gTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATcac                 >  1:1126947/1‑68 (MQ=255)

                                          gTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATcac                 >  1:54746/1‑68 (MQ=255)

                                          gTCATATGACGCTGTAGTATCTGGTGCAATATGTGACGCTGCCGCTGTATGAAAAActtt                         <  1:1837686/60‑4 (MQ=255)

                                             atatGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATTTGccgctgccgctg                                      <  1:3310400/44‑1 (MQ=255)

                                               atGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATcac                 >  1:2470191/1‑63 (MQ=255)

                                                tGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCAtt           >  1:2682606/1‑68 (MQ=255)

                                                tGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTg          >  1:2867316/1‑69 (MQ=255)

                                                tGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTg          >  1:1305313/1‑69 (MQ=255)

                                                          ggaTCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTg  <  1:747422/67‑1 (MQ=255)

ATGATATTCAGAAGAATGCGGACGGTTCCTGGACGGCGAATGGTCATATGCCGCTGGAGGATCTGGTGCAATATGTGCCGCTGCCGCTGGATGAAAAACGTGAATATCACACCATTGCCGGGCTG  >  minE/1347814‑1347938

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A