Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,363,050 |
C→T |
46.1% |
G180G (GGC→GGT) |
metG → |
methionyl‑tRNA synthetase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,363,050 | 0 | C | T | 46.1%
| 18.7
/ 85.0
| 104 | G180G (GGC→GGT) | metG | methionyl‑tRNA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (13/43); new base T (16/32); total (29/75) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
ACTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGCCCTCTTTCAGCGAAAT > minE/1362983‑1363112
|
aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:2448787/1‑68 (MQ=255)
aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:2035590/1‑68 (MQ=255)
aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:3137350/1‑68 (MQ=255)
aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:2106225/1‑68 (MQ=255)
aCTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGgc > 1:386761/1‑68 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCt > 1:3174188/1‑68 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2222583/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2437999/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2706889/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2957143/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2975309/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:2401006/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:728201/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:771808/1‑69 (MQ=255)
gCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTa > 1:1014338/1‑69 (MQ=255)
aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:1371720/69‑3 (MQ=255)
aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:583462/69‑3 (MQ=255)
aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:703773/69‑3 (MQ=255)
aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:733119/69‑3 (MQ=255)
aaGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTAccc < 1:1895859/69‑3 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGGCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1239841/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGTTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2105692/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2200670/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2260426/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2475219/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2420250/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1000471/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2574603/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:2744965/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:300636/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3013620/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3279622/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3337403/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:365730/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:426631/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:477754/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1796054/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1700008/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1845061/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1097194/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1923409/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1255912/69‑1 (MQ=255)
cTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1632170/69‑1 (MQ=255)
tGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:1097352/68‑1 (MQ=255)
cggcgCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:770810/66‑1 (MQ=255)
ggcgCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt < 1:3380526/65‑1 (MQ=255)
gcgACCTACATCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2595265/69‑1 (MQ=255)
gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:1917503/69‑1 (MQ=255)
gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:359786/69‑1 (MQ=255)
gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:1423475/69‑1 (MQ=255)
gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2599212/69‑1 (MQ=255)
gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2951292/69‑1 (MQ=255)
gcgACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGt < 1:2103363/69‑1 (MQ=255)
cAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGt > 1:2081037/1‑54 (MQ=255)
aacttaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:452043/1‑69 (MQ=255)
aactgaTTGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:1381956/1‑69 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:3158675/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:425711/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2162823/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:3243471/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1505004/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:3007219/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1321128/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1133250/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:783064/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:837966/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:923956/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2180444/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2154145/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2349182/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2972525/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:186479/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2689065/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2731908/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:1827512/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGAtt < 1:2740907/54‑1 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2531096/1‑69 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2246760/1‑69 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:776221/1‑69 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:1980258/1‑69 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2904074/1‑69 (MQ=255)
aactgaTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:3119221/1‑69 (MQ=255)
aactgaTCGAGCAGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACActtcttct > 1:2777959/1‑69 (MQ=255)
aTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGa < 1:3268336/47‑1 (MQ=255)
aTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGa < 1:1256834/47‑1 (MQ=255)
aTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGa < 1:1588169/47‑1 (MQ=255)
aTCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGAt > 1:2267110/1‑69 (MQ=255)
tCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCTCTACGCCGGTAATGCGt < 1:445892/44‑1 (MQ=255)
tCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAaca < 1:2395739/55‑1 (MQ=255)
aGCCGAAATCGGTGGTTTCTTGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc > 1:2431530/1‑69 (MQ=255)
aGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc > 1:1824474/1‑69 (MQ=255)
aGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc > 1:1556549/1‑69 (MQ=255)
aGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc > 1:3079380/1‑69 (MQ=255)
aGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc > 1:2872782/1‑69 (MQ=255)
aGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc > 1:617242/1‑69 (MQ=255)
aGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGTGCTACCCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc > 1:1887362/1‑69 (MQ=255)
gCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGc < 1:1565139/68‑1 (MQ=255)
gtTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGCCCTCTTTCAGCGaa < 1:1882608/69‑1 (MQ=255)
ttCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGCCCTCTTTCAGCGAAAt < 1:1069698/69‑1 (MQ=255)
gcgcTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGCCCTCTTTCAGCGAAAt < 1:465746/64‑1 (MQ=255)
|
ACTGCGAAGTCTGCGGCGCGACCTACAGCCCGACTGAACTGATCGAGCCGAAATCGGTGGTTTCTGGCGCTACGCCGGTAATGCGTGATTCTGAACACTTCTTCTTTGATCTGCCCTCTTTCAGCGAAAT > minE/1362983‑1363112
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
