Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,369,934 |
C→T |
30.1% |
G94G (GGC→GGT) |
yohJ → |
conserved inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,369,934 | 0 | C | T | 30.1%
| 49.5
/ 21.6
| 53 | G94G (GGC→GGT) | yohJ | conserved inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (25/12); new base T (9/7); total (34/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.36e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.65e-01 |
TTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAAC > minE/1369872‑1370001
|
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTTATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:3285263/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:992008/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:306100/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2799604/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2799339/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2756964/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:3127113/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:339330/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2412825/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:767690/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:14529/1‑69 (MQ=255)
ttgtttgtGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGATCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTa > 1:2240904/1‑69 (MQ=255)
ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:774540/69‑1 (MQ=255)
ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:2836157/69‑1 (MQ=255)
ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:1153797/69‑1 (MQ=255)
ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:2107446/69‑1 (MQ=255)
ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTc < 1:1465128/68‑1 (MQ=255)
ccGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTc < 1:468669/68‑1 (MQ=255)
cGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTcc < 1:2869884/68‑1 (MQ=255)
ttGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:2630927/69‑1 (MQ=255)
ttGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1202899/69‑1 (MQ=255)
gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:2243736/1‑69 (MQ=255)
gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:2573387/1‑69 (MQ=255)
gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:1348267/1‑69 (MQ=255)
gTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGTGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACg > 1:1032026/1‑69 (MQ=255)
cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1317520/52‑1 (MQ=255)
cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1962795/52‑1 (MQ=255)
cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCtgtg < 1:1709597/52‑1 (MQ=255)
cAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCtggtg > 1:1208628/1‑69 (MQ=255)
atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCtgg > 1:1445780/1‑63 (MQ=255)
atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:2657918/1‑69 (MQ=255)
atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:2287594/1‑69 (MQ=255)
atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:2280286/1‑69 (MQ=255)
atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGttt > 1:1808298/1‑69 (MQ=255)
atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGtt > 1:1048365/1‑68 (MQ=255)
atTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGtt > 1:1902462/1‑68 (MQ=255)
atTATGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTAc > 1:2055218/1‑58 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:54904/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:58935/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2445284/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2658560/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2486230/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2287267/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2268693/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:222413/1‑69 (MQ=255)
ttGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTc > 1:2088432/1‑69 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:2568432/68‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:512667/68‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:5523/68‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:638179/68‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:853706/68‑1 (MQ=255)
aTTTGCTCCGCGCACAGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:1046334/68‑1 (MQ=255)
caGTTTGGTCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCtg < 1:1786745/54‑1 (MQ=255)
cccGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAAc < 1:3098930/68‑1 (MQ=255)
|
TTGTTTGTGCCGATTGGCGTAGGCGTCATGCAATATTTTGATTTGCTCCGCGCACAGTTTGGCCCGGTAGTGGTTTCCTGTGCAGTCAGTACGCTGGTGGTTTTTCTGGTGGTGAGCTGGAGTTCGCAAC > minE/1369872‑1370001
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
