Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,453,736 |
G→A |
48.1% |
A26T (GCC→ACC) |
atoB → |
acetyl‑CoA acetyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,453,736 | 0 | G | A | 48.1%
| 2.9
/ 69.1
| 79 | A26T (GCC→ACC) | atoB | acetyl‑CoA acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (10/31); new base A (19/19); total (29/50) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.10e-01 |
TCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTT > minE/1453674‑1453804
|
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:540528/69‑1 (MQ=255)
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:2385778/69‑1 (MQ=255)
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:2328845/69‑1 (MQ=255)
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:207029/69‑1 (MQ=255)
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1915505/69‑1 (MQ=255)
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1369550/69‑1 (MQ=255)
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1574807/69‑1 (MQ=255)
tCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:1651451/69‑1 (MQ=255)
cATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCg < 1:933173/68‑1 (MQ=255)
aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:998177/68‑1 (MQ=255)
aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:3358119/68‑1 (MQ=255)
aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:2806829/68‑1 (MQ=255)
aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:2206573/68‑1 (MQ=255)
aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:192572/68‑1 (MQ=255)
aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:1692350/68‑1 (MQ=255)
aTCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:1261652/68‑1 (MQ=255)
tacgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGa < 1:1929720/55‑1 (MQ=255)
acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAg > 1:3386548/1‑68 (MQ=255)
acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:1282760/1‑69 (MQ=255)
acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:317665/1‑69 (MQ=255)
acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:250672/1‑69 (MQ=255)
acgtacTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGt > 1:2751340/1‑69 (MQ=255)
gCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTaaa < 1:2931074/69‑1 (MQ=255)
gCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTaaa < 1:1171459/69‑1 (MQ=255)
cTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAg > 1:674410/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTTGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:2277014/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:3199284/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:961004/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:2136351/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1205579/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1194088/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:2828564/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:26704/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:256640/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:2601516/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1991226/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1942893/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:132474/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1743783/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1717869/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:887480/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1679085/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgcc > 1:1676263/1‑69 (MQ=255)
aTCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCACAATCGACCTGGGGGCGACAg > 1:3282771/1‑58 (MQ=255)
ggTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTaaa < 1:2198413/63‑1 (MQ=255)
ggTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgccgcc > 1:432092/1‑69 (MQ=255)
ggTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAgccgcc > 1:897641/1‑69 (MQ=255)
gTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTg < 1:329580/69‑1 (MQ=255)
gTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTg < 1:366778/69‑1 (MQ=255)
gTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTg < 1:1134338/69‑1 (MQ=255)
gTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTg < 1:2082658/69‑1 (MQ=255)
gTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTg < 1:1751409/69‑1 (MQ=255)
cGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCg > 1:1676829/1‑68 (MQ=255)
cGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGa > 1:1851985/1‑69 (MQ=255)
accaGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTcac < 1:528460/67‑1 (MQ=255)
accaGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTcac < 1:323107/67‑1 (MQ=255)
accaGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTcac < 1:3414389/67‑1 (MQ=255)
accaGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTcac < 1:2695383/67‑1 (MQ=255)
accaGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTcac < 1:1623309/67‑1 (MQ=255)
accaGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTcac < 1:2670079/67‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:850700/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:92682/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1633249/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:453899/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1795214/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:389182/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1154747/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2006890/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2093782/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2516917/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2679366/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1190383/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2386775/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:303903/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:3121672/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:3127751/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:2107054/66‑1 (MQ=255)
accaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:3190464/66‑1 (MQ=255)
ccaGCACCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTca < 1:1300054/65‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2147327/69‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:1158497/69‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:1906070/69‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:1610143/69‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2802320/69‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2770206/69‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:2419492/69‑1 (MQ=255)
gcCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGtt < 1:3279935/69‑1 (MQ=255)
|
TCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACGTT > minE/1453674‑1453804
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
