Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,469,421 |
A→G |
61.2% |
G767G (GGT→GGC) |
yfaL ← |
adhesin |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,469,421 | 0 | A | G | 61.2%
| 59.5
/ 70.3
| 108 | G767G (GGT→GGC) | yfaL | adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (31/11); new base G (24/42); total (55/53) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAGGC > minE/1469359‑1469468
|
ttGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCg > 1:1837104/1‑69 (MQ=255)
ttGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCg > 1:1902470/1‑69 (MQ=255)
ttGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCg > 1:1120874/1‑69 (MQ=255)
ttGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCg > 1:1626158/1‑69 (MQ=255)
ttGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCg > 1:452716/1‑69 (MQ=255)
ttGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCg > 1:1012420/1‑69 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:2966460/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:1836567/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:1894079/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:1577275/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:2114626/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:2515439/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:2771271/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:3245005/1‑55 (MQ=255)
cAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCg > 1:128775/1‑55 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCTCCAGCg < 1:436527/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGct < 1:1231790/68‑2 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:3047518/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:2340225/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:2486459/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:2452960/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:220979/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:461880/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:66822/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:194393/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:698565/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:862009/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:948191/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:969222/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:1029038/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:1784420/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:1435942/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:145309/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:165848/68‑1 (MQ=255)
gCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCg < 1:1220726/68‑1 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:2722071/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:2613952/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:2962748/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:1505044/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:3253403/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:2219522/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:21624/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:156272/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:2014941/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:1649374/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:1263114/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:192989/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:1216041/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:835834/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:189028/69‑2 (MQ=255)
cTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:613010/69‑2 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:2797545/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:1418566/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:1091366/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:730581/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:2833481/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:1414449/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:511877/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:3385506/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:39521/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:2592400/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:1882873/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:2484855/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:1685374/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:202985/1‑67 (MQ=255)
tGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGtac > 1:2360816/1‑67 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGGTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:2751788/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCAtt > 1:2879420/1‑53 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCAtt > 1:2174892/1‑53 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:1751887/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:1094671/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:1158354/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:1897476/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:3361627/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:1306649/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:1045247/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:962436/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:1504150/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTc > 1:2826508/1‑54 (MQ=255)
gTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGACACACCATCGGTGGCAtt > 1:2720314/1‑53 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:3086977/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:1757676/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:840187/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:83961/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:1943101/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:2891424/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:481757/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:2855702/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:2775710/69‑1 (MQ=255)
tGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATa < 1:2644916/69‑1 (MQ=255)
tAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAgg > 1:1808176/1‑69 (MQ=255)
tAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAgg > 1:3224690/1‑69 (MQ=255)
tAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAgg > 1:2915202/1‑69 (MQ=255)
tAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAg > 1:187702/1‑68 (MQ=255)
tAAGCTCACCTGCCAGCGTCACGCCATCGGTGGCATTCACCAGCGta < 1:1396773/47‑2 (MQ=37)
aaGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCCCCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAGGc > 1:795449/1‑69 (MQ=255)
aaGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAGGc > 1:1560673/1‑69 (MQ=255)
aaGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAGGc > 1:3356081/1‑69 (MQ=255)
aaGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAGGc > 1:2263981/1‑69 (MQ=255)
gTCACACCATCTGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTa < 1:735397/42‑1 (MQ=255)
|
TTGGAAAGATAAGTCAGGCTGTCAGTTTCAAGGTTGGTATTAAGCTCACCTGTCAACGTCACACCATCGGTGGCATTCACCAGCGTCCCATCGCCGTTAAATAGTGAGGC > minE/1469359‑1469468
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
