Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,502,921 |
G→A |
51.6% |
intergenic (‑294/‑626) |
lrhA ← / → yfbQ |
DNA‑binding transcriptional repressor/predicted aminotransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,502,921 | 0 | G | A | 51.6%
| ‑0.3
/ 115.5
| 124 | intergenic (‑294/‑626) | lrhA/yfbQ | DNA‑binding transcriptional repressor/predicted aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/44); new base A (15/49); total (31/93) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.85e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
Only 100 of 127 total aligned reads displayed.
TATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGA > minE/1502866‑1502986
|
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATTTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2030665/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2945612/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2501277/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:2584028/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:13260/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:1255335/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:3117418/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCt < 1:1126558/66‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:964897/69‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:843510/69‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:968938/69‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:2108206/69‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:1641225/69‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:1369342/69‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:1866882/69‑1 (MQ=255)
tATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGt < 1:508418/69‑1 (MQ=255)
gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:3294754/68‑1 (MQ=255)
gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:508580/68‑1 (MQ=255)
gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:2228111/68‑1 (MQ=255)
gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:655523/68‑1 (MQ=255)
gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:2258647/68‑1 (MQ=255)
gACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCa < 1:2375103/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:1030768/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:2169829/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:2280766/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:2092019/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:2074547/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:2462276/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:1944356/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:232626/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:2453066/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:1818246/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:167421/68‑1 (MQ=255)
aCATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:1596256/68‑1 (MQ=255)
cATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCAt < 1:1572775/67‑1 (MQ=255)
gtTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACg < 1:665704/69‑1 (MQ=255)
gtTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACg < 1:3140699/69‑1 (MQ=255)
gtTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACg < 1:2496914/69‑1 (MQ=255)
gtTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACg < 1:168207/69‑1 (MQ=255)
gtTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACg < 1:46949/69‑1 (MQ=255)
gtTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCCGGTCATACGCGAACACg < 1:2850911/69‑1 (MQ=255)
tGTATAAATGTAATTGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTa > 1:3011797/1‑68 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATc > 1:3166314/1‑46 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGaa > 1:850207/1‑62 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTa > 1:3258022/1‑68 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTa > 1:482403/1‑68 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTa > 1:1362222/1‑68 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTa > 1:2877924/1‑68 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTa > 1:792048/1‑68 (MQ=255)
tGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTa > 1:988073/1‑68 (MQ=255)
tgtaaatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGc < 1:2637792/68‑1 (MQ=255)
tgtaaatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGc < 1:105159/68‑1 (MQ=255)
tgtaaatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGc < 1:1778542/68‑1 (MQ=255)
aatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATg < 1:2185477/68‑1 (MQ=255)
aatgtGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATg < 1:1336625/68‑1 (MQ=255)
attCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:3285466/67‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:233715/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1530624/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:508096/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1496837/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1623513/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1752861/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:773265/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2895999/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2824856/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2571485/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2128752/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2685445/69‑1 (MQ=255)
aGTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:1124778/69‑1 (MQ=255)
gTCCTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggc < 1:2842402/68‑1 (MQ=255)
tCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAggcgg > 1:2881782/1‑69 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAg > 1:1674584/1‑53 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:291894/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:1147388/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:2710972/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:1873550/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:2856106/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:2609234/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:1718598/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:2607486/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:2062396/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:2218484/1‑68 (MQ=255)
cTTGTTCCACTCTCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAggcggc > 1:1118410/1‑68 (MQ=255)
gTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGaa > 1:135049/1‑37 (MQ=255)
gTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGaa > 1:138969/1‑37 (MQ=255)
gTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGaa > 1:2282564/1‑37 (MQ=255)
gTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGaa > 1:3383020/1‑37 (MQ=255)
gTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGaa > 1:2822247/1‑37 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:1621562/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:600284/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:608009/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:321172/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:1804243/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:134154/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:2959506/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:1853669/68‑1 (MQ=255)
ctctCGTACAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACAAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGc < 1:2259692/68‑1 (MQ=255)
gTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACCGCAATg < 1:441313/44‑1 (MQ=255)
gcagcaTCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGa < 1:1530161/66‑1 (MQ=255)
gcagcaTCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGa < 1:1090424/66‑1 (MQ=255)
|
TATGACATGCGCGTGTTTGTATAAATGTAAATGTGAGTCCTTGTTCCACTCTCGTGCAGCATCGCTGGTCATACGCGAACACGTACCAACAGCAATGGTGAGGCGGCATCAAGAGCAGGGA > minE/1502866‑1502986
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
