Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F1 I0 R1	4577	57.4	3436498	77.7%	2670158	63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,510,448	T→C	48.4%	T331T (ACT→ACC)	ackA →	acetate kinase A and propionate kinase 2

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,510,448	0	T	C	48.4%	‑1.2 / 86.5	95	T331T (ACT→ACC)	ackA	acetate kinase A and propionate kinase 2
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/18); new base C (11/35); total (42/53)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGG  >  minE/1510386‑1510513

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:3194175/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:326805/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:3154157/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:2356265/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:2774823/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:1764933/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:2000076/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:914073/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:468777/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:2793274/4‑69 (MQ=255)

gccaaaTACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCggtggt                                                             >  1:79581/4‑69 (MQ=255)

gCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt                                                             >  1:2477438/1‑69 (MQ=255)

        cATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTg                                                      >  1:2777318/1‑68 (MQ=255)

        cATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTg                                                      >  1:842696/1‑68 (MQ=255)

        cATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTg                                                      >  1:1166197/1‑68 (MQ=255)

          tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGTTATCGGTGaa                                                    <  1:2086432/68‑1 (MQ=255)

          tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa                                                    <  1:557442/68‑1 (MQ=255)

          tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa                                                    <  1:2226225/68‑1 (MQ=255)

          tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa                                                    <  1:3380595/68‑1 (MQ=255)

          tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa                                                    <  1:3292326/68‑1 (MQ=255)

          tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa                                                    <  1:1700265/68‑1 (MQ=255)

          tCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGGCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa                                                    <  1:2040847/68‑1 (MQ=255)

           cGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGCGCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGaa                                                    <  1:2153524/67‑1 (MQ=255)

                  tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:2283277/68‑1 (MQ=255)

                  tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:2745173/68‑1 (MQ=255)

                  tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:2545855/68‑1 (MQ=255)

                  tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:990334/68‑1 (MQ=255)

                  tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:1021777/68‑1 (MQ=255)

                  tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:936138/68‑1 (MQ=255)

                  tACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:697006/68‑1 (MQ=255)

                    cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt                                                             <  1:321585/49‑1 (MQ=255)

                    cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt                                                             <  1:3129434/49‑1 (MQ=255)

                    cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt                                                             <  1:3345805/49‑1 (MQ=255)

                    cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt                                                             <  1:2588806/49‑1 (MQ=255)

                    cacTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTggtggt                                                             <  1:1142032/49‑1 (MQ=255)

                          gcTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            <  1:197672/60‑1 (MQ=255)

                             gatggatgGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGa                                <  1:1799663/69‑1 (MQ=255)

                                 gatggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTg                            <  1:1985954/69‑1 (MQ=255)

                                 gatggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTg                            <  1:923223/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGt                           <  1:355137/68‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1002613/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:2769572/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:920078/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:863587/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:719933/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:52064/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:433118/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:308776/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:323566/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:2464231/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:2471734/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1562479/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1618977/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:163494/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1066691/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1649363/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1651908/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1439888/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:2121146/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1811030/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1826950/69‑1 (MQ=255)

                                   tggTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGATGAAAATGCCCCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:2372105/69‑1 (MQ=255)

                                   tggGCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1907687/69‑1 (MQ=255)

                                      tcgtcTGGTCGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:2832193/66‑1 (MQ=255)

                                        gtcTGGACGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:2545935/64‑1 (MQ=255)

                                          cTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTg                                 >  1:261930/1‑55 (MQ=255)

                                           tGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGt                           <  1:1992164/60‑1 (MQ=255)

                                             gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaaa                >  1:2383657/1‑69 (MQ=255)

                                             gACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCaa                 >  1:2135404/1‑68 (MQ=255)

                                               cGCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:388672/57‑1 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:1538249/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:3090173/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:1578741/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:1133792/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:73283/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:1448159/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:3293648/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:2085946/1‑38 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTCACCGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCGATGGTTCGTGAACTGtc                          <  1:1410849/56‑1 (MQ=255)

                                                gCTGTTGTATTAACTGGTGGTATAGGTGAAAATGCCGc                                            >  1:1843225/1‑38 (MQ=38)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:1367156/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:1001517/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:1448672/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:671863/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:608846/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:589279/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:1927231/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:2377988/1‑69 (MQ=255)

                                                   gttgtATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGc          >  1:2722884/1‑69 (MQ=255)

                                                           cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTg                                 >  1:1693938/1‑38 (MQ=255)

                                                           cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTggg                    >  1:1691917/1‑51 (MQ=255)

                                                           cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggt  >  1:2393093/1‑68 (MQ=255)

                                                           cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggg  >  1:3403362/1‑69 (MQ=255)

                                                           cACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggg  >  1:1038968/1‑69 (MQ=255)

                                                           cACTGGTGGTATCGCTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTggg  >  1:2287077/1‑69 (MQ=255)

GCGAAATACATCGGTGCCTACACTGCGCTGATGGATGGTCGTCTGGACGCTGTTGTATTCACTGGTGGTATCGGTGAAAATGCCGCAATGGTTCGTGAACTGTCTCTGGGCAAACTGGGCGTGCTGGG  >  minE/1510386‑1510513

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 14 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A