Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,551,248 |
G→T |
48.6% |
V232V (GTG→GTT) |
yfdC → |
predicted inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,551,248 | 0 | G | T | 48.6%
| 11.2
/ 78.4
| 72 | V232V (GTG→GTT) | yfdC | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/7); new base T (19/16); total (49/23) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 |
TATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCT > minE/1551200‑1551312
|
tataTTGATGAGCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1894895/1‑51 (MQ=38)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1087062/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2559541/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2840042/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2852831/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:287287/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:3007646/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:2070151/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:3097568/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:197238/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:187541/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:3284843/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1762538/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1644222/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:1557538/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:770646/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGt > 1:618341/1‑51 (MQ=39)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCAAATCGTTGt > 1:1837768/1‑51 (MQ=255)
tataTTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGAAACCACCCACATCGTTGt > 1:3125813/1‑51 (MQ=255)
gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATc > 1:1199766/1‑68 (MQ=255)
gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCt > 1:1559411/1‑69 (MQ=255)
gatgaCCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACAACACCCATATCGTGGTAGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCt > 1:1420383/1‑69 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:3272536/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:3068350/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:667460/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:423297/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:3356695/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:790027/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:869956/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2751828/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2444940/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2431014/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:1768102/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:1985536/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2007928/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:1198337/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2088766/69‑1 (MQ=255)
tGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCACATCGTTGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGttt < 1:2330743/69‑1 (MQ=255)
acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:979711/1‑39 (MQ=255)
acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:2182528/1‑39 (MQ=255)
acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:1030465/1‑39 (MQ=255)
acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:2625398/1‑39 (MQ=255)
acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:250337/1‑39 (MQ=255)
acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctct > 1:629903/1‑39 (MQ=255)
acacCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCctc > 1:2816390/1‑38 (MQ=255)
accCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGAt < 1:2945211/69‑1 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:473340/1‑44 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:374321/1‑44 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:1399915/1‑44 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:1954337/1‑44 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:2411801/1‑44 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:1137546/1‑44 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAAc > 1:861980/1‑44 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCa < 1:1305873/69‑1 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCa < 1:58421/69‑1 (MQ=255)
atatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCa < 1:289458/69‑1 (MQ=255)
tatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt < 1:2424055/69‑1 (MQ=255)
tatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt < 1:2913032/69‑1 (MQ=255)
tatCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCT‑GTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCAt < 1:1113104/68‑1 (MQ=255)
tCGTGGTCTGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:2250203/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATc > 1:2008382/1‑68 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:1524477/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:402817/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:3415868/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:613521/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:1535032/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:3228953/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:3176639/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:741983/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:3057890/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:851844/1‑69 (MQ=255)
tCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCt > 1:997604/1‑69 (MQ=255)
|
TATATTGATGACCTGGCTTATTGCCCTGGGTGACACCACCCATATCGTGGTCGGTTCTGTTGAAATCCTCTATCTGGTGTTTAACGGTACGCTGCACTGGAGCGATTTCATCT > minE/1551200‑1551312
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
