Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,566,500 |
C→T |
65.8% |
D84D (GAC→GAT) |
yfeO → |
predicted ion channel protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,566,500 | 0 | C | T | 65.8%
| 20.3
/ 16.6
| 35 | D84D (GAC→GAT) | yfeO | predicted ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (7/5); new base T (12/11); total (19/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
TTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTT > minE/1566435‑1566557
|
ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:2360711/1‑69 (MQ=255)
ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:909137/1‑69 (MQ=255)
ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:514939/1‑69 (MQ=255)
ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:2026808/1‑69 (MQ=255)
ttAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:2802496/1‑69 (MQ=255)
gCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCtg < 1:1705780/69‑1 (MQ=255)
ggggTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGgcgc > 1:187484/1‑69 (MQ=255)
gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGAcccc > 1:3417662/1‑43 (MQ=255)
gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1859532/1‑69 (MQ=255)
gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:246528/1‑69 (MQ=255)
gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1470530/1‑69 (MQ=255)
gttggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCAcc > 1:1217746/1‑69 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1231517/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:320511/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:3308381/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2757073/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2705389/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:404531/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:2328132/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1407204/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1765757/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1991202/69‑3 (MQ=255)
ggttATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCgat < 1:1771499/69‑3 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCtgtg > 1:2620221/1‑43 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2299191/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:1324305/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:504947/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:477499/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:3391899/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:1918265/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:308161/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2028885/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2279659/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2698243/1‑69 (MQ=255)
aTCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGATCCCGCCTGTGAACCGCTTATCGGCGCACCGATTCCg > 1:2286124/1‑69 (MQ=255)
ccAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:247947/69‑1 (MQ=255)
ccAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:801913/69‑1 (MQ=255)
ccAGGGGCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCt < 1:928169/69‑1 (MQ=255)
tCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTgg > 1:138858/1‑69 (MQ=255)
tCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTgg > 1:587722/1‑69 (MQ=255)
gCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACtt < 1:3415428/69‑1 (MQ=255)
|
TTAACGCTAACGGGTATTGCGGTGGGGTTGGTTATCCGTTTCAGCCAGGGTCATGCCGGACCAGACCCCGCCTGTGAACCGCTGATCGGCGCACCGGTTCCGCCCTCTGCGCTACCTGGACTT > minE/1566435‑1566557
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
