Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,567,023 |
C→T |
45.9% |
L259F (CTC→TTC) |
yfeO → |
predicted ion channel protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,567,023 | 0 | C | T | 45.9%
| 6.0
/ 38.1
| 50 | L259F (CTC→TTC) | yfeO | predicted ion channel protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/16); new base T (15/8); total (26/24) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.84e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCT > minE/1566965‑1567087
|
cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:2063633/69‑1 (MQ=255)
cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:2513836/69‑1 (MQ=255)
cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg > 1:1801314/1‑69 (MQ=255)
cGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:161570/69‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2142599/68‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2730205/68‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2891077/68‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:3430045/68‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:3433758/68‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:2238889/68‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:1172813/68‑1 (MQ=255)
cGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTa < 1:791817/68‑1 (MQ=255)
tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:755836/1‑68 (MQ=255)
tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:2298037/1‑68 (MQ=255)
tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:2138100/1‑68 (MQ=255)
tGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATAAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTgg > 1:390921/1‑68 (MQ=255)
gTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCgg > 1:2198277/1‑69 (MQ=255)
gTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCgg > 1:2071278/1‑69 (MQ=255)
tGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGGTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGt > 1:3168849/1‑68 (MQ=255)
tGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTa > 1:1679915/1‑69 (MQ=255)
gCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTAt > 1:880892/1‑69 (MQ=255)
atgatgCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTggg < 1:2463590/38‑1 (MQ=255)
gatgCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGt < 1:1286121/69‑1 (MQ=255)
tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGTTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:1152258/69‑1 (MQ=255)
tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:1314417/69‑1 (MQ=255)
tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:2880596/69‑1 (MQ=255)
tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:3258748/69‑1 (MQ=255)
tCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:1546876/69‑1 (MQ=255)
cAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtgg < 1:2640885/68‑1 (MQ=255)
caaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1152749/2‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTAtt > 1:68641/1‑44 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTAt > 1:650993/1‑43 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:3145924/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1197524/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:682332/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1509430/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:3172613/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2953724/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2894608/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1646272/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:1033083/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2529725/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:204361/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGTTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:2311452/1‑69 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg < 1:185399/69‑1 (MQ=255)
aaaTGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATtggtg > 1:71533/1‑69 (MQ=255)
gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:893891/68‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:1485686/68‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:2854140/68‑1 (MQ=255)
gTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCt < 1:2169044/68‑1 (MQ=255)
|
CGCCGTATGGTGCTTACCACGGTTGCACGCGATGATGCATCAAATGAAAAATCCGGTGCTCGTGCTGGGTATTGGCGGATTTATTCTCGGTATTCTGGGGGTTATTGGTGGACCAGTTTCGCT > minE/1566965‑1567087
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
