Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,570,467 |
A→T |
73.6% |
A269A (GCA→GCT) |
nupC → |
nucleoside (except guanosine) transporter |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,570,467 | 0 | A | T | 73.6%
| 170.7
/ 69.9
| 125 | A269A (GCA→GCT) | nupC | nucleoside (except guanosine) transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (23/10); new base T (72/20); total (95/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.48e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 |
Only 100 of 126 total aligned reads displayed.
TTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGG > minE/1570399‑1570517
|
tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:2132322/1‑69 (MQ=255)
tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:324472/1‑69 (MQ=255)
tCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCAc > 1:206613/1‑69 (MQ=255)
tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGTACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:604222/69‑1 (MQ=255)
tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAATGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1197700/69‑1 (MQ=255)
tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1392839/69‑1 (MQ=255)
tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:2936538/69‑1 (MQ=255)
tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:2420585/69‑1 (MQ=255)
tATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCAGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt < 1:1687066/69‑1 (MQ=255)
aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGc > 1:1523192/1‑62 (MQ=255)
aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt < 1:759169/69‑1 (MQ=255)
aTCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt > 1:3235778/1‑69 (MQ=255)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:1868553/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2527348/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2485381/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:193471/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2223618/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2854810/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:218686/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2133143/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2124630/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:26480/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2814213/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:2829374/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:1597435/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:3089040/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:3383803/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:3424291/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:410431/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:600987/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAcc > 1:847618/1‑42 (MQ=25)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTAc > 1:949205/1‑41 (MQ=21)
tttATCGCCCTGATCGCTGCACTGAACGATCTGTTTGCTAcc > 1:1677962/1‑42 (MQ=16)
ttATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGtt < 1:931616/44‑1 (MQ=255)
tCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt > 1:566554/1‑40 (MQ=255)
tCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGt > 1:181251/1‑40 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2249152/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:3267729/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1411120/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2397932/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2455547/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1038666/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2739212/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1580967/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2982123/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:1031452/1‑68 (MQ=255)
cGCCCTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCt > 1:2159720/1‑68 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCATTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:855434/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:751048/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1359640/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1624449/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:2964696/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3002974/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1532824/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3096375/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:3202483/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:324491/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:2310214/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1680707/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:269176/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:2036395/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:2251970/69‑1 (MQ=255)
ccTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:188518/69‑1 (MQ=255)
cTGATCTCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:390164/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa > 1:1415318/1‑68 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1942650/68‑1 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:3419646/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1974190/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:3337454/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:126098/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:446454/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:938942/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1027171/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2845071/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:3230650/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:80355/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:816713/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2447063/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2490730/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2574350/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2638637/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2648778/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2800024/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2817319/1‑69 (MQ=255)
cTGATCGCTGCACTGAACGCTATGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACTGCATCTCCTTCCa > 1:782701/1‑68 (MQ=255)
cTGATCGCTGAACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:112178/1‑69 (MQ=255)
atGATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa > 1:840975/2‑68 (MQ=255)
tGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:304799/1‑68 (MQ=255)
tGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1047235/1‑68 (MQ=255)
tGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:1156640/1‑68 (MQ=255)
tGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:3108035/1‑68 (MQ=255)
tGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2981029/1‑68 (MQ=255)
tGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAg > 1:2893864/1‑68 (MQ=255)
gATCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTAGAGCATCTCCTTCCa < 1:3226820/66‑1 (MQ=255)
gATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAggg > 1:626072/1‑69 (MQ=255)
gATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAggg > 1:2305634/1‑69 (MQ=255)
gATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAggg > 1:2151255/1‑69 (MQ=255)
gATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAgg > 1:347520/1‑68 (MQ=255)
gATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAgg > 1:2104051/1‑68 (MQ=255)
tCGCTGCACTGAACGCTCTGTTTGCTACCGTGACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCa < 1:1887095/64‑1 (MQ=255)
|
TTCAAAGTTGCCATTATCGTTGCCGCGATGCTGATTGGCTTTATCGCCCTGATCGCCGCGCTGAACGCACTGTTTGCCACCGTTACTGGCTGGTTTGGCTACAGCATCTCCTTCCAGGG > minE/1570399‑1570517
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
