Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,616,820 |
G→A |
42.2% |
N400N (AAC→AAT) |
eutE ← |
predicted aldehyde dehydrogenase, ethanolamine utilization protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,616,820 | 0 | G | A | 42.2%
| 24.3
/ 50.5
| 71 | N400N (AAC→AAT) | eutE | predicted aldehyde dehydrogenase, ethanolamine utilization protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/16); new base A (14/16); total (39/32) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.34e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.80e-01 |
CACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCTAGCGCAATGG > minE/1616755‑1616884
|
cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGtt > 1:2342863/1‑68 (MQ=255)
cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTg > 1:1252758/1‑69 (MQ=255)
cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTg > 1:2836044/1‑69 (MQ=255)
cACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTg > 1:2596444/1‑69 (MQ=255)
ccGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:569351/1‑69 (MQ=255)
ccGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:894611/1‑69 (MQ=255)
ccGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:1009141/1‑69 (MQ=255)
cGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:2975501/1‑68 (MQ=255)
cGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:2030139/1‑68 (MQ=255)
cGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAg > 1:409423/1‑68 (MQ=255)
aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:2114002/1‑69 (MQ=255)
aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:1740/1‑69 (MQ=255)
aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:406291/1‑69 (MQ=255)
aCGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTgcc > 1:42080/1‑69 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2063560/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:410201/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2583376/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:353609/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:59157/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2660220/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:639393/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:1435990/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:2765657/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:3025239/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:133711/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggtg > 1:869154/1‑68 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggt > 1:306980/1‑67 (MQ=255)
gTATCAATGGCGTTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTgtggt > 1:899438/1‑67 (MQ=255)
tCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTg > 1:2381292/1‑47 (MQ=255)
cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:2458952/1‑69 (MQ=255)
cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:366100/1‑69 (MQ=255)
cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:2058865/1‑69 (MQ=255)
cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:1885287/1‑69 (MQ=255)
cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:1849369/1‑69 (MQ=255)
cGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAg > 1:1352433/1‑69 (MQ=255)
tCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCa < 1:1577152/69‑1 (MQ=255)
tGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc > 1:3325775/1‑69 (MQ=255)
tGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAc > 1:1384478/1‑68 (MQ=255)
gTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc > 1:645615/1‑67 (MQ=255)
ttCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2752539/68‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:3178746/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:1197080/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:1908690/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:3359745/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:877617/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:588470/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:1219829/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2007521/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:782572/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:747710/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2045029/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:532795/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:477354/65‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:1383227/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:1054444/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:698810/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:821680/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:869749/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:893212/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2821562/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:1769986/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2010858/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2111044/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:399423/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2513729/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:3353209/67‑1 (MQ=255)
tCATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2591534/67‑1 (MQ=255)
cATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2366646/64‑1 (MQ=255)
cATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCAcc < 1:2711359/64‑1 (MQ=255)
cATGTTTTCGATATTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGc < 1:2117294/66‑1 (MQ=255)
cGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCTAGCGCAATgg > 1:3390997/1‑69 (MQ=255)
|
CACGGTCCGTTCTTAACGAAAATGCTGGTATCAATAGCATTCGCCATCTGGTTCATGTTTTCGATGTTGCGCGAGTGCATTGCCGCCGTGTGGTGGCAACCGCCTTCCAGTTTCACCGCTAGCGCAATGG > minE/1616755‑1616884
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
