Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,680,201 |
A→T |
68.4% |
I1591I (ATT→ATA) |
yfhM ← |
conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,680,201 | 0 | A | T | 68.4%
| 106.0
/ 67.7
| 95 | I1591I (ATT→ATA) | yfhM | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (27/3); new base T (35/30); total (62/33) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 |
TACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCA > minE/1680133‑1680268
|
tACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCa > 1:2566242/1‑69 (MQ=255)
tACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCa > 1:3273110/1‑69 (MQ=255)
tACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCa > 1:420584/1‑69 (MQ=255)
acacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCaa < 1:6017/69‑1 (MQ=255)
cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:2739590/1‑69 (MQ=255)
cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:2106185/1‑69 (MQ=255)
cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:2051967/1‑69 (MQ=255)
cacCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAAt > 1:3098054/1‑69 (MQ=255)
catcaACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCa > 1:1087780/1‑69 (MQ=255)
catcaACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCa > 1:2614678/1‑69 (MQ=255)
catcaACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCa > 1:949913/1‑69 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:620292/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2354214/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2422016/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2503363/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:121550/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2766215/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2792515/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:1816933/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:311915/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:3212875/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:1730462/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:1332962/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:840574/69‑3 (MQ=255)
ccgccgCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:836126/69‑3 (MQ=255)
gccgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTTGTTCAGTAAg < 1:3267076/69‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTGATg < 1:451747/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1705240/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2310557/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2274628/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2564657/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2712181/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2191420/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1202849/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:215714/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2070194/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:2063584/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1993932/40‑1 (MQ=255)
cgccACAAAGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATg < 1:1271404/40‑1 (MQ=255)
aaaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:146967/59‑3 (MQ=255)
aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:2056146/1‑68 (MQ=255)
aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:1180308/1‑68 (MQ=255)
aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:2568641/1‑68 (MQ=255)
aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:151016/1‑68 (MQ=255)
aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:1658185/1‑68 (MQ=255)
aaGCGATCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTGCAc > 1:812414/1‑68 (MQ=255)
gATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGc < 1:96482/69‑1 (MQ=255)
gATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGc < 1:2393351/69‑1 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:759622/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:447374/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:444936/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:475720/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:536854/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:401474/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:159753/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1427398/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:3159002/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1775461/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:747994/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:3010565/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2993538/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2781185/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:205015/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2202651/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2305107/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2492266/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:227210/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2512260/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2363980/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2244123/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2227350/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:121505/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2210219/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2644979/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:2654559/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1284052/1‑59 (MQ=255)
tCGTCACGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGCAAGTTCTg > 1:1343555/1‑59 (MQ=255)
aCGGAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:2798668/47‑3 (MQ=39)
gAACTCTATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAgca < 1:3094514/44‑3 (MQ=38)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTTCATCTGGTTCAGTa > 1:134641/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:735926/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:627219/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1144165/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:444536/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1558539/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1678707/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:3106978/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:2548682/1‑42 (MQ=255)
aCTCAATGTGCTTAATGCTAGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTa > 1:1871224/1‑42 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1502586/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:543139/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:561145/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1756467/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1774554/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:3089120/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:2161848/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:2692020/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:1282366/1‑69 (MQ=255)
cAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCa > 1:2211158/1‑69 (MQ=255)
|
TACACCAGCGTTACCGGTTGGTATTCATCAACGGCAACCGCCGCCACAAAGCGATCGTCACGGAACTCAATGTGCTTAATGCTCGCCTGCTGCATCTGGTTCAGTAAGTTCTGCACTTCGCCACCACTTTGCTCCA > minE/1680133‑1680268
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
