Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,688,631 |
C→T |
65.4% |
A138A (GCG→GCA) |
pepB ← |
aminopeptidase B |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,688,631 | 0 | C | T | 65.4%
| 33.0
/ 27.4
| 52 | A138A (GCG→GCA) | pepB | aminopeptidase B |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/2); new base T (17/17); total (33/19) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.69e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATGG > minE/1688566‑1688678
|
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGCTCCCCtgcg > 1:611405/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:2588010/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:663799/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:420325/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:331165/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:2908098/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:2811747/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:266721/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:2598468/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:242345/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:2101051/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:1924755/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:1897189/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:1858944/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:1790002/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:1049483/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:908042/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:1661206/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:1452832/1‑69 (MQ=255)
aGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCtgcg > 1:158618/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCt > 1:1711525/1‑68 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCt > 1:104864/1‑68 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:814951/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:3272333/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:3229128/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:37542/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:3038981/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:1694078/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:2872284/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:761091/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:910315/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:2666675/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:2616994/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:1485933/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTg > 1:2421840/1‑69 (MQ=255)
taACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCACGCGAc > 1:1483720/1‑62 (MQ=255)
ttGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTgatcag < 1:482291/69‑1 (MQ=255)
ttGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTgatcag < 1:419171/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTTGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:1963403/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:2977096/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:1104258/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:74222/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:576533/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:607960/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:344224/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:1167251/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:1069425/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:1717950/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:3224745/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:3131736/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:3118559/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:2063032/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:2552676/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:2520014/69‑1 (MQ=255)
tGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTgatcaga < 1:2391797/69‑1 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGCTCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGcc > 1:900190/1‑58 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:752018/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:765649/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:917770/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:664227/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:882511/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:599873/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:493452/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:391445/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:2812165/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:2781368/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:2682558/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:2331048/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:1989253/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:1662427/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:1369806/1‑69 (MQ=255)
ccGGTAAGTCACACGATCCCCTGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATgg > 1:1191443/1‑69 (MQ=255)
|
AGCCCCATATAACCTTGCTCACGCAGATCTTCGCCTTTGGTGATCCGATAAGTCACACGATCGCCCGCGACGTTGCTGATCAGATCAACAGCACGCTGTGCCAGTTGCGATGG > minE/1688566‑1688678
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
