Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,728,960 |
T→C |
66.3% |
H112H (CAT→CAC) |
yfhD → |
predicted transglycosylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,728,960 | 0 | T | C | 66.3%
| 51.9
/ 35.4
| 68 | H112H (CAT→CAC) | yfhD | predicted transglycosylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/14); new base C (29/16); total (38/30) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.04e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAGAC > minE/1728898‑1729026
|
cAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCTTgtggtg > 1:1508543/1‑69 (MQ=255)
cAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATgtggtg > 1:3000833/1‑69 (MQ=255)
cAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATgtggtg > 1:157286/1‑69 (MQ=255)
gCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACg < 1:1913995/69‑1 (MQ=255)
tACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCa > 1:909987/1‑69 (MQ=255)
tACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCa > 1:670212/1‑69 (MQ=255)
tACGCTGGGCAACCTGACGCCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCa > 1:1770184/1‑69 (MQ=255)
cTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGAc < 1:1132151/68‑1 (MQ=255)
cTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGAc < 1:3022391/68‑1 (MQ=255)
cTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGAc < 1:1827497/68‑1 (MQ=255)
cTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTgaaaga > 1:1579335/1‑68 (MQ=255)
gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:2409088/69‑1 (MQ=255)
gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:981578/69‑1 (MQ=255)
gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:1041104/69‑1 (MQ=255)
gACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAAc < 1:2392170/69‑1 (MQ=255)
ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:1573586/68‑1 (MQ=255)
ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:3431322/68‑1 (MQ=255)
ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:3419647/68‑1 (MQ=255)
ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:3245531/68‑1 (MQ=255)
ggcggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACaa < 1:1244189/68‑1 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaa > 1:1446914/1‑67 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:492085/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:264996/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:2889515/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:3199746/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:334345/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:3434446/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:364676/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:42572/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1596186/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:666564/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:669087/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1208336/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:81847/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:867099/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:871179/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1043451/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:18404/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1301866/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:1948824/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:2114776/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:2630881/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAAt > 1:232981/1‑69 (MQ=255)
cggAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACA‑AAAAtt > 1:1963717/1‑69 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCTGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:3094962/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCTGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1326560/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:374186/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1356233/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1086872/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:900496/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1917948/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:601818/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:2394630/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:337295/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1823246/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1387091/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:1253586/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:2496212/64‑1 (MQ=255)
gCAACTCACCGTTGCACAGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:569311/64‑1 (MQ=255)
cAACTCACCGTTGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACaaaa < 1:3257377/63‑1 (MQ=255)
ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:2236635/1‑68 (MQ=255)
ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:2407148/1‑68 (MQ=255)
ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:785514/1‑68 (MQ=255)
ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:133171/1‑68 (MQ=255)
ttGCACCGGGTCACGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGACACAAAATTCCCGGAATTAAGc > 1:301046/1‑68 (MQ=255)
gCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTgg < 1:884501/69‑1 (MQ=255)
aTGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAgac > 1:1516671/1‑68 (MQ=255)
aTGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAgac > 1:2158353/1‑68 (MQ=255)
|
CAGTATCGCCCACGTACGCTGGGCAACCTGACGGCGGAGCAACTCACCGTTGCACCGGGTCATGTGGTGGTTAACGATCTCCAGACCCTGAAAGAAACAAAATTCCCGGAATTAAGCTGGAAGGTAGAC > minE/1728898‑1729026
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
