Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,771,345 |
G→A |
49.5% |
G305G (GGG→GGA) |
pheA → |
fused chorismate mutase P and prephenate dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,771,345 | 0 | G | A | 49.5%
| ‑0.9
/ 86.5
| 95 | G305G (GGG→GGA) | pheA | fused chorismate mutase P and prephenate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/15); new base A (16/31); total (49/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.84e-04 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 |
GGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATG > minE/1771279‑1771405
|
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTTATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1938850/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2159373/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2440122/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1531858/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:551968/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2528540/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:590305/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1217758/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2575015/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2599677/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1987940/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:1460677/1‑68 (MQ=255)
ggCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGc > 1:2643978/1‑68 (MQ=255)
aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:2224302/1‑69 (MQ=255)
aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:3372630/1‑69 (MQ=255)
aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:1188807/1‑69 (MQ=255)
aaGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCg > 1:1117048/1‑69 (MQ=255)
aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg > 1:1968513/1‑69 (MQ=255)
aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg > 1:734919/1‑69 (MQ=255)
aaCGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTg > 1:1095703/1‑69 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1967681/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:269201/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:277542/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:2900506/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:3178099/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1828267/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:2190951/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1741580/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1668904/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:10778/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1517701/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1251039/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:747767/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:836072/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1328209/60‑3 (MQ=255)
cTGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1313670/60‑3 (MQ=255)
tGACCAGGTTCCGGCTAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:1517943/59‑3 (MQ=255)
tGACCAGGTTCCGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:113709/59‑3 (MQ=255)
cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:1787649/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:1001385/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:883445/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:14571/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:1457783/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:2727331/1‑69 (MQ=255)
cAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTg > 1:432234/1‑69 (MQ=255)
ttCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTgg < 1:1576004/69‑1 (MQ=255)
ttCCGGAGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTgg < 1:1025498/69‑1 (MQ=255)
ccGGCGAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTgcac < 1:3250107/49‑3 (MQ=255)
ggCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTAc < 1:2690177/68‑1 (MQ=255)
gAAACCGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:852876/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGCCGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2597290/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAGGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2978361/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:918222/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:3187071/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2999208/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:3318248/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2868517/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:374823/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1850802/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1924985/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2040256/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1478192/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:2255611/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTgc > 1:1497305/1‑68 (MQ=255)
gAAAACGACGTTGTTAATGGCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTg > 1:1920307/1‑67 (MQ=255)
aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:1409380/69‑1 (MQ=255)
aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:2307794/69‑1 (MQ=255)
aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:1681917/69‑1 (MQ=255)
aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:756077/69‑1 (MQ=255)
aCCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAAc < 1:1413439/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:3280695/1‑69 (MQ=255)
ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:2189281/1‑69 (MQ=255)
ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:1055888/1‑69 (MQ=255)
ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:2695919/1‑69 (MQ=255)
ggCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTAt > 1:3223971/1‑69 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:809228/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:328031/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2916082/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:1946027/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2228325/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2283863/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2158596/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2591925/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2804956/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:2837372/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:1841868/69‑1 (MQ=255)
ggCGACCGGACAACAAGCTGGTGCACTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAATCACAGTCTGATTAt < 1:29021/69‑1 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:1520223/69‑1 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:1505286/69‑1 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:1829095/69‑1 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:2576352/69‑1 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:2103613/69‑1 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:2153870/69‑1 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg > 1:2359305/1‑69 (MQ=255)
gCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATg < 1:3163087/69‑1 (MQ=255)
|
GGCGCGTAAAGCCATTAACGTGTCTGATCAGGTTCCGGCGAAAACCACGTTGTTAATGGCGACCGGGCAACAAGCCGGTGCGCTGGTTGAAGCGTTGCTGGTACTGCGCAACCACAATCTGATTATG > minE/1771279‑1771405
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
