Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,779,750 |
G→A |
64.7% |
G244G (GGC→GGT) |
ffh ← |
Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,779,750 | 0 | G | A | 64.7%
| 52.3
/ 47.5
| 82 | G244G (GGC→GGT) | ffh | Signal Recognition Particle (SRP) component with 4.5S RNA (ffs) |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/21); new base A (26/27); total (34/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.61e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTC > minE/1779698‑1779810
|
tAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACg > 1:113974/1‑69 (MQ=255)
tAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACg > 1:2001543/1‑69 (MQ=255)
agCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCa < 1:2030864/69‑1 (MQ=255)
gcgcCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCa < 1:3149740/68‑1 (MQ=255)
cgccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCAt > 1:2191876/1‑68 (MQ=255)
cgccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCAt > 1:3149333/1‑68 (MQ=255)
cgccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCAt > 1:1720809/1‑68 (MQ=255)
gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:126383/69‑1 (MQ=255)
gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:2411917/69‑1 (MQ=255)
gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:3293439/69‑1 (MQ=255)
gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:1918240/69‑1 (MQ=255)
gccgcACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTg < 1:2156151/69‑1 (MQ=255)
ggCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGt < 1:2243498/69‑1 (MQ=255)
ggCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTCCATTGAATGCTTTTGCCGt < 1:3363775/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:171860/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:2454878/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:633482/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:2467614/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:1785109/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:269670/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:2307180/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:1563468/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:2744784/69‑1 (MQ=255)
cGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCg < 1:2772644/69‑1 (MQ=255)
tCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCa < 1:257770/69‑1 (MQ=255)
cACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCAt < 1:512698/68‑1 (MQ=255)
cACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATc > 1:1809655/1‑69 (MQ=255)
cACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATc > 1:2240519/1‑69 (MQ=255)
cACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATc > 1:2911492/1‑69 (MQ=255)
tCAACACTACACCTGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:1331578/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACTCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:1569474/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:511827/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:464858/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:3156740/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2396556/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2910717/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:273119/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2798995/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2874770/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:934611/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:139747/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:837941/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:1499085/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:1555688/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:3149727/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:1608175/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:734575/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:892472/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2357318/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2011565/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:3150429/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2105014/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2115191/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:2212105/68‑1 (MQ=255)
tCAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:235470/68‑1 (MQ=255)
cAACACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCg < 1:1460816/67‑1 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTg > 1:1924054/1‑62 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGt > 1:3290987/1‑68 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:3274551/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:937706/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:524283/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:760059/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:1050586/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2376308/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:106212/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:1122506/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:1332188/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:1461116/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:1584413/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:1707519/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2016703/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2055874/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2208751/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:3127572/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2396477/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2400671/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2405706/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2468423/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2723131/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:2991090/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:3074152/1‑69 (MQ=255)
aaCACTACACCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTc > 1:310942/1‑69 (MQ=255)
gCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGt < 1:3152424/39‑1 (MQ=255)
|
TAGAGAGCGCCGCACCGCCGCGGGCATCGCCGTCCACTTTGGTCAACACTACGCCGGTAAGCGGTAACGCTTCATTGAATGCTTTTGCCGTATTGGCCGCATCCTGACCGGTC > minE/1779698‑1779810
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
