Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,803,541 |
A→G |
45.8% |
L11L (CTA→CTG) |
ygaH → |
predicted inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,803,541 | 0 | A | G | 45.8%
| 4.1
/ 48.3
| 59 | L11L (CTA→CTG) | ygaH | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (20/12); new base G (17/10); total (37/22) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.12e-01 |
TTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGT > minE/1803478‑1803595
|
ttAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGTGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtgg > 1:2051937/1‑69 (MQ=255)
ttAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtgg > 1:2170589/1‑69 (MQ=255)
ttAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtgg > 1:2585128/1‑69 (MQ=255)
ttAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtgg > 1:1166391/1‑69 (MQ=255)
ttAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtgg > 1:1450893/1‑69 (MQ=255)
ggCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtggcgtggcg > 1:1610364/1‑68 (MQ=255)
cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt > 1:1625181/1‑69 (MQ=255)
cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt > 1:2511837/1‑69 (MQ=255)
cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt > 1:1886438/1‑69 (MQ=255)
cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt > 1:3273659/1‑69 (MQ=255)
cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt > 1:543366/1‑69 (MQ=255)
cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt > 1:796398/1‑69 (MQ=255)
aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt > 1:1281332/1‑60 (MQ=255)
aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt > 1:3192948/1‑60 (MQ=255)
aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt > 1:1627678/1‑60 (MQ=255)
aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt > 1:3022128/1‑60 (MQ=255)
aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt > 1:2999891/1‑60 (MQ=255)
cgcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt < 1:3056451/69‑1 (MQ=255)
cgcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt < 1:1211517/69‑1 (MQ=255)
gcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt < 1:2629958/68‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTTGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:1848825/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:593517/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3005843/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3333677/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3063464/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2429449/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:898482/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:919819/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2356122/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:1798333/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:2241642/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:392545/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3325821/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3259966/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:1577007/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3084971/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:1861360/69‑1 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTg > 1:1037871/1‑44 (MQ=38)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGGTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1535397/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt > 1:788422/1‑68 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt > 1:1388594/1‑68 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1677439/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:107956/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1088199/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:673198/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1216161/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1252983/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2547719/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:3394361/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2159949/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:3278251/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2091071/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:285173/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1845789/1‑69 (MQ=255)
aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTg > 1:1056735/1‑68 (MQ=255)
aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc > 1:3090103/1‑69 (MQ=255)
aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc > 1:1971040/1‑69 (MQ=255)
gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGt < 1:362447/67‑1 (MQ=255)
ttGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:855281/52‑1 (MQ=255)
|
TTAATCCAGGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGT > minE/1803478‑1803595
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
