Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F1 I0 R1	4577	57.4	3436498	77.7%	2670158	63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,803,549	T→C	51.0%	V14A (GTG→GCG)	ygaH →	predicted inner membrane protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,803,549	0	T	C	51.0%	‑2.8 / 46.0	53	V14A (GTG→GCG)	ygaH	predicted inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (14/12); new base C (17/10); total (31/22)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.64e-01

GGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGT  >  minE/1803486‑1803595

ggCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTtggcgtggcg                                            >  1:1610364/1‑68 (MQ=255)

      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:796398/1‑69 (MQ=255)

      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:1886438/1‑69 (MQ=255)

      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:543366/1‑69 (MQ=255)

      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:2511837/1‑69 (MQ=255)

      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:3273659/1‑69 (MQ=255)

      cTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAattatt                                     >  1:1625181/1‑69 (MQ=255)

            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:3192948/1‑60 (MQ=255)

            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:2999891/1‑60 (MQ=255)

            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:3022128/1‑60 (MQ=255)

            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:1627678/1‑60 (MQ=255)

            aGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAatt                                        >  1:1281332/1‑60 (MQ=255)

                 cgcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt                          <  1:3056451/69‑1 (MQ=255)

                 cgcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt                          <  1:1211517/69‑1 (MQ=255)

                  gcCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTAt                          <  1:2629958/68‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTTGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:1848825/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:2356122/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:2429449/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:919819/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:3005843/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:3063464/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:3333677/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:593517/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:898482/69‑1 (MQ=255)

                         gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:1798333/69‑1 (MQ=255)

                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:2241642/69‑1 (MQ=255)

                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:392545/69‑1 (MQ=255)

                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:3325821/69‑1 (MQ=255)

                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:3259966/69‑1 (MQ=255)

                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:3084971/69‑1 (MQ=255)

                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:1577007/69‑1 (MQ=255)

                            cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:1861360/69‑1 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTg                                    >  1:1037871/1‑44 (MQ=38)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGGTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1535397/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt            >  1:788422/1‑68 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt            >  1:1388594/1‑68 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:3394361/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:2159949/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:107956/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:673198/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1088199/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1216161/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:2091071/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1845789/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1252983/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:3278251/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:2547719/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:285173/1‑69 (MQ=255)

                                gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1677439/1‑69 (MQ=255)

                                 aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTg           >  1:1056735/1‑68 (MQ=255)

                                 aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc          >  1:3090103/1‑69 (MQ=255)

                                 aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc          >  1:1971040/1‑69 (MQ=255)

                                           gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGt  <  1:362447/67‑1 (MQ=255)

                                             ttGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg               <  1:855281/52‑1 (MQ=255)

                                                          tggcgcggcgAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt                  <  1:2035396/36‑1 (MQ=37)

GGCATTCTGGCAAGGAGCGCCCGATGAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGT  >  minE/1803486‑1803595

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 21 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A