Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,803,572 |
T→C |
44.3% |
L22L (TTG→CTG) |
ygaH → |
predicted inner membrane protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,803,572 | 0 | T | C | 44.3%
| 9.4
/ 47.5
| 61 | L22L (TTG→CTG) | ygaH | predicted inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/15); new base C (16/11); total (35/26) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
GAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTA > minE/1803511‑1803629
|
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTTGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:1848825/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2356122/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:919819/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:898482/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:593517/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3333677/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3063464/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:3005843/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2429449/69‑1 (MQ=255)
gAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:1798333/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3084971/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:2241642/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:1577007/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3259966/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:3325821/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:392545/69‑1 (MQ=255)
cTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:1861360/69‑1 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGGTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1535397/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt > 1:1388594/1‑68 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCt > 1:788422/1‑68 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1252983/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1845789/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:673198/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1088199/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:3394361/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2091071/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2159949/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:3278251/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1677439/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:107956/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:1216161/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:285173/1‑69 (MQ=255)
gAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTGGTTGGCGCGGCGAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCTGCGCCTg > 1:2547719/1‑69 (MQ=255)
aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTg > 1:1056735/1‑68 (MQ=255)
aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc > 1:3090103/1‑69 (MQ=255)
aGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGc > 1:1971040/1‑69 (MQ=255)
gctTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGt < 1:362447/67‑1 (MQ=255)
ttGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTgcg < 1:855281/52‑1 (MQ=255)
tggcgcggcgAATTATTGCTTCCGCTATCTGCCGCt < 1:2035396/36‑1 (MQ=37)
gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGgc > 1:2498429/1‑69 (MQ=255)
gcgAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGgc > 1:102628/1‑69 (MQ=255)
tattGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggta < 1:1888310/69‑1 (MQ=255)
tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:2745224/1‑69 (MQ=255)
tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:813618/1‑69 (MQ=255)
tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:74680/1‑69 (MQ=255)
tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:71571/1‑69 (MQ=255)
tGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggt > 1:71033/1‑69 (MQ=255)
gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:2814340/69‑1 (MQ=255)
gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:1754162/69‑1 (MQ=255)
gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:1140637/69‑1 (MQ=255)
gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:2189584/69‑1 (MQ=255)
gCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta < 1:2192835/69‑1 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTTCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:2054815/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1984118/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:3433040/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:116619/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:823653/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1205885/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:882962/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1575582/1‑60 (MQ=255)
aTTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCggtaggta > 1:1445603/1‑60 (MQ=255)
|
GAGCTATGAGGTTCTGCTGCTTGGGTTACTAGTTGGCGTGGCGAATTATTGCTTCCGCTATTTGCCGCTGCGCCTGCGTGTGGGTAATGCCCGCCCAACCAAACGTGGCGCGGTAGGTA > minE/1803511‑1803629
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
