Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,806,227 |
C→T |
37.8% |
V149V (GTC→GTT) |
emrB → |
multidrug efflux system protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,806,227 | 0 | C | T | 37.8%
| 31.4
/ 34.4
| 58 | V149V (GTC→GTT) | emrB | multidrug efflux system protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/17); new base T (4/18); total (23/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.27e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
GCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGA > minE/1806161‑1806288
|
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2925824/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2430778/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2200259/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:755632/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2190376/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:702720/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:643457/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:635972/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:3372015/1‑69 (MQ=255)
gCTGAATAACTACCCGCCAGACAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcgc > 1:2866705/1‑69 (MQ=255)
gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:997676/69‑1 (MQ=255)
gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:2360115/69‑1 (MQ=255)
gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:3027854/69‑1 (MQ=255)
gAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGcc < 1:855208/69‑1 (MQ=255)
aaTAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCa > 1:445995/1‑69 (MQ=255)
aaTAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCa > 1:81544/1‑69 (MQ=255)
aaTAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCa > 1:2957649/1‑69 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:3336732/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:3135279/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:733958/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:829735/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:864507/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:895690/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:3029635/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1136555/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1279797/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1274484/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1241431/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:1391477/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:2436009/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:2582710/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGACAATTTg < 1:484646/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGAGCCAATTTg < 1:1591961/68‑1 (MQ=255)
tACCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTCTTGCGCCAATTTg < 1:145390/68‑1 (MQ=255)
aCCCACCTGCCAAACGTTCTATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTg < 1:2703676/67‑1 (MQ=255)
cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGa > 1:3241586/1‑69 (MQ=255)
cagccaAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGa > 1:2695937/1‑69 (MQ=255)
cagccaAACGATCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTcg > 1:202923/1‑51 (MQ=255)
caAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCt > 1:1389386/1‑69 (MQ=255)
gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:3144666/69‑1 (MQ=255)
gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:1292136/69‑1 (MQ=255)
gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:2310620/69‑1 (MQ=255)
gCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTcggcg < 1:112538/69‑1 (MQ=255)
gTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGAt < 1:3339994/67‑1 (MQ=255)
gTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGGTATATCAGCGAt < 1:1393342/67‑1 (MQ=255)
gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:783341/1‑68 (MQ=255)
gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:1087945/1‑68 (MQ=255)
gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:885060/1‑68 (MQ=255)
gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:971883/1‑68 (MQ=255)
gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:2605228/1‑68 (MQ=255)
gtgGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAAtt > 1:3361910/1‑68 (MQ=255)
ggTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTAc < 1:902096/68‑1 (MQ=255)
cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:822573/1‑69 (MQ=255)
cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:2794608/1‑69 (MQ=255)
cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:963408/1‑69 (MQ=255)
cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:1635277/1‑69 (MQ=255)
cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:3431659/1‑69 (MQ=255)
cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:641615/1‑69 (MQ=255)
cGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGACCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACt > 1:301150/1‑69 (MQ=255)
aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:562204/1‑69 (MQ=255)
aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:1025413/1‑69 (MQ=255)
aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:1211950/1‑69 (MQ=255)
aTGACGGTGATTGTTGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGTGATAATTACCACTgg > 1:701340/1‑69 (MQ=255)
tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGTCTGGa < 1:3280931/69‑1 (MQ=255)
tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:3369132/69‑1 (MQ=255)
tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:3297473/69‑1 (MQ=255)
tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:2380769/69‑1 (MQ=255)
tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:2538952/69‑1 (MQ=255)
tGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGa < 1:552943/69‑1 (MQ=255)
|
GCTGAATAACTACCCGCCAGCCAAACGCTCGATCGCGCTGGCGTTGTGGTCGATGACGGTGATTGTCGCGCCAATTTGCGGCCCGATCCTCGGCGGTTATATCAGCGATAATTACCACTGGGGCTGGA > minE/1806161‑1806288
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
