Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.

ALE, Flask, Isolate	Predicted Mutations	Mean Coverage	Total Reads	Percent Mapped	Mapped Reads	Average Read Length
A2 F1 I0 R1	4577	57.4	3436498	77.7%	2670158	63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence

Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	freq	annotation	gene	description
RA	minE	1,830,565	A→G	50.8%	I122T (ATT→ACT)	ygbI ←	predicted DNA‑binding transcriptional regulator

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	minE	1,830,565	0	A	G	50.8%	‑1.7 / 59.0	67	I122T (ATT→ACT)	ygbI	predicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/14); new base G (20/14); total (39/28)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

ATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTG  >  minE/1830523‑1830629

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:2695364/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:977110/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:828222/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:390025/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:378320/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:3090915/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:2750711/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:2206125/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:2094056/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:1508819/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:1457322/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:1147116/69‑1 (MQ=255)

aTAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:1420424/69‑1 (MQ=255)

 tAACGAAGTCGTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTg                                        <  1:2077556/68‑1 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTgg                                       >  1:2488163/1‑68 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTgg                                       >  1:1865076/1‑68 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt                                      >  1:883826/1‑69 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt                                      >  1:1048544/1‑69 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt                                      >  1:49881/1‑69 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt                                      >  1:666752/1‑69 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt                                      >  1:1924814/1‑69 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt                                      >  1:878650/1‑69 (MQ=255)

  aaCGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGt                                      >  1:929666/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCga                             >  1:961298/1‑68 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:787005/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:1461198/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:380608/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:1324251/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:3430954/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:3423471/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:3188365/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:1364505/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:2750659/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:2748468/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:1576200/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:1736090/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:2426018/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:2400759/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:1825498/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:237317/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:2366124/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:2174044/1‑69 (MQ=255)

           gTTAGTAACCACTGTGAGTGGCTCCATGTGAGTCAGATGCTGTGCAATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGc                             >  1:205491/1‑69 (MQ=255)

              tgtgACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCa                            >  1:1027947/1‑67 (MQ=255)

              tgtgACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCa                            >  1:922828/1‑67 (MQ=255)

              tgtgACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCa                            >  1:664110/1‑67 (MQ=255)

              tgtgACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCa                            >  1:1419728/1‑67 (MQ=255)

                 gACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCa                        <  1:821871/68‑1 (MQ=255)

                 gACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCa                        <  1:2460809/68‑1 (MQ=255)

                           agtGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACaa             >  1:2069238/1‑69 (MQ=255)

                           agtGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTACCGCATCCAGATAGATACaa             >  1:663421/1‑69 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATGCAACtt          <  1:734880/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:572598/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:2046756/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:787424/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:2392363/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:3286890/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:2862697/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:2858850/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:927512/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:930781/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:1406915/69‑1 (MQ=255)

                              gACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACtt          <  1:145479/69‑1 (MQ=255)

                                       tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg  >  1:440122/1‑68 (MQ=255)

                                       tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg  >  1:11263/1‑68 (MQ=255)

                                       tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg  >  1:896322/1‑68 (MQ=255)

                                       tgAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTg  >  1:1645463/1‑68 (MQ=255)

ATAACGAAATCGTTTGTGACCACAGTCAGTGACTCCATGTGAATCAGATGCTGTGCTATCGCTAACGTGGTCGTTCCCGCATCCAGATAGATACAACTTCCCGGCTG  >  minE/1830523‑1830629

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 36 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`

GATK/CNVnator alignment

N/A