Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,831,037 |
C→T |
44.4% |
intergenic (‑108/‑58) |
ygbI ← / → ygbJ |
predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,831,037 | 0 | C | T | 44.4%
| 40.2
/ 115.3
| 144 | intergenic (‑108/‑58) | ygbI/ygbJ | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/predicted dehydrogenase, with NAD(P)‑binding Rossmann‑fold domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (47/33); new base T (51/13); total (98/46) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.14e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.33e-01 |
Only 100 of 144 total aligned reads displayed.
TCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAAC > minE/1830978‑1831102
|
tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:1022803/69‑1 (MQ=255)
tCACATAAAATAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTta < 1:355251/69‑1 (MQ=255)
aaaTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTcac < 1:3257892/69‑1 (MQ=255)
aTAACATGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:671087/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTcaca > 1:2578931/1‑68 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTc > 1:2716316/1‑65 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1130163/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2233145/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3260102/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2566042/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1871477/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:3112321/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1526880/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2876765/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:1098141/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2926780/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:2933065/1‑69 (MQ=255)
aTAACACGCAATGTTAATTTTTGTGAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACaa > 1:786713/1‑69 (MQ=255)
aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:28907/69‑1 (MQ=255)
aTAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACaa < 1:633313/69‑1 (MQ=255)
aTGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATcaaacaa < 1:1086275/69‑1 (MQ=255)
ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACaaaa > 1:510619/1‑68 (MQ=255)
ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat > 1:1719606/1‑69 (MQ=255)
ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:1950782/69‑1 (MQ=255)
ttAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAat < 1:2484158/69‑1 (MQ=255)
tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2658823/68‑1 (MQ=255)
tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2731427/68‑1 (MQ=255)
tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1413835/68‑1 (MQ=255)
tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2051324/68‑1 (MQ=255)
tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:1190144/68‑1 (MQ=255)
tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2127457/68‑1 (MQ=255)
tttATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATc < 1:2408791/68‑1 (MQ=255)
ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:3012459/65‑1 (MQ=255)
ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1087442/65‑1 (MQ=255)
ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2906717/65‑1 (MQ=255)
ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:462841/65‑1 (MQ=255)
ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1500003/65‑1 (MQ=255)
ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:2203001/65‑1 (MQ=255)
ttttgtgAATCAGCTCACCATATCGTTATCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCa < 1:1971586/65‑1 (MQ=255)
cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2157790/1‑67 (MQ=255)
cACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAg > 1:2960712/1‑67 (MQ=255)
aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2254648/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2230997/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2373285/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:1042726/69‑1 (MQ=255)
aCCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg < 1:2185173/69‑1 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:1413907/1‑68 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:280161/1‑68 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:1649791/1‑68 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:2971143/1‑68 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:2597391/1‑68 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:3341260/1‑68 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:2422156/1‑68 (MQ=255)
ccGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:341168/1‑68 (MQ=255)
cagTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAg > 1:782069/3‑68 (MQ=255)
tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:485577/69‑1 (MQ=255)
tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2696041/69‑1 (MQ=255)
tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:585218/69‑1 (MQ=255)
tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:3410014/69‑1 (MQ=255)
tATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2810711/69‑1 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGa > 1:2254534/1‑64 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATg > 1:197595/1‑66 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:933086/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:958591/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:682511/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3064547/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:531970/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3228713/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:449762/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1581602/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2203540/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1792964/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1765201/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1688439/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2377483/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2388587/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2492419/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1476261/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1311185/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:128230/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1231684/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:279164/1‑69 (MQ=255)
aTCTTTCCGCGCTTATATTCACAACATCAAACAAAATATAACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1200427/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:380443/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:848608/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:903843/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1779261/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2282404/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2837784/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2340132/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3431058/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3316121/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3284355/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:1005983/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:324362/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:2602310/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaaa > 1:3069736/1‑69 (MQ=255)
aTCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa > 1:2521247/1‑68 (MQ=255)
cTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGaa < 1:2075551/66‑1 (MQ=255)
ttCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAAc > 1:3165219/1‑68 (MQ=255)
|
TCACATAAAATAACACACAATGTTAATTTATGTGAATCAGATCACCATACCGTTATCTTCCAGCGCTTATATTCACAATATCAAACAAAATATCACTTAAATTAACAAGGAGAGCAGATGAAAAC > minE/1830978‑1831102
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
