Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
1,941,417 |
A→G |
62.4% |
V279V (GTA→GTG) |
ygfZ → |
predicted folate‑dependent regulatory protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 1,941,417 | 0 | A | G | 62.4%
| 44.8
/ 47.1
| 77 | V279V (GTA→GTG) | ygfZ | predicted folate‑dependent regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (21/8); new base G (18/30); total (39/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.52e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-03 |
TGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGA > minE/1941353‑1941482
|
tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:920339/1‑69 (MQ=255)
tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:766354/1‑69 (MQ=255)
tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:2992807/1‑69 (MQ=255)
tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:3104054/1‑69 (MQ=255)
tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTgg > 1:3121900/1‑69 (MQ=255)
tGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTg > 1:1114958/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCt > 1:1218377/1‑64 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:3258181/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1920340/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2219805/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2328828/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2349576/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2447498/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:2532499/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1645231/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1617341/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1434092/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1320367/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:504753/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1167031/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:836894/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:1015401/1‑68 (MQ=255)
aGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAAAGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:329645/1‑68 (MQ=255)
aGCTCGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACgg > 1:781950/1‑68 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTTCGGTaa < 1:4506/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:2554770/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:3091377/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:829513/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:1420527/69‑1 (MQ=255)
cTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTaa < 1:1639558/69‑1 (MQ=255)
gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa < 1:886637/69‑1 (MQ=255)
gACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGaa < 1:2657853/69‑1 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTTGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2767621/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTTAAACTGGAAg > 1:631966/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:972127/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:1817069/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:847450/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:579334/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:557508/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:464617/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:3417180/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:1004152/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2527073/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:246204/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2280483/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:2082670/1‑69 (MQ=255)
aCTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAg > 1:1759831/1‑69 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGTCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:519845/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAtgttgt < 1:1749150/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2568220/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2270857/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1365777/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2196679/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:584760/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3137680/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1152911/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1055925/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3091334/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1198866/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:669316/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2642188/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2302118/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:494346/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:49277/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:918221/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1342832/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3423880/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:236939/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2604550/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1400513/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:697855/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:3202088/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2157028/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:2633593/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:961952/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:610151/68‑1 (MQ=255)
tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt < 1:1772097/68‑1 (MQ=255)
ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:3204123/68‑1 (MQ=255)
ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:3153268/68‑1 (MQ=255)
ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:2966869/68‑1 (MQ=255)
ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGGCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:1100678/68‑1 (MQ=255)
gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGt > 1:2468555/1‑40 (MQ=25)
gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGTTTGTCATGAATAACGata > 1:724736/1‑69 (MQ=255)
gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata > 1:543725/1‑69 (MQ=255)
gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata > 1:2379074/1‑69 (MQ=255)
cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTTGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg < 1:1510749/69‑1 (MQ=255)
cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg > 1:1231856/1‑69 (MQ=255)
cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg > 1:3161361/1‑69 (MQ=255)
gtacTGGCTGCTGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:2663567/68‑1 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa < 1:1102767/62‑1 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:1880487/68‑1 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:961915/1‑68 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:1786310/1‑68 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:2040347/68‑1 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:1782332/1‑68 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:1480216/1‑68 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa > 1:2630163/1‑68 (MQ=255)
gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACAATATGGa < 1:2468377/68‑1 (MQ=255)
tacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa < 1:1736467/67‑1 (MQ=255)
|
TGCCGGAAGCTGGTGAAGACTTAGAGCTGAAAATGGGCGAGAACTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGA > minE/1941353‑1941482
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
