Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 1,941,450 C→T 47.7% V290V (GTC→GTT)  ygfZ → predicted folate‑dependent regulatory protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE1,941,4500CT47.7% 7.3 / 77.0 90V290V (GTC→GTT) ygfZpredicted folate‑dependent regulatory protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (8/39);  new base T (3/40);  total (11/79)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.29e-01

CTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCG  >  minE/1941396‑1941516
                                                      |                                                                  
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGTCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:519845/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAtgttgt                                                      <  1:1749150/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:1055925/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2270857/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2196679/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2568220/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2642188/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:3091334/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:3137680/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:584760/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:1365777/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:669316/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:1152911/69‑1 (MQ=255)
cTGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:1198866/69‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:610151/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2302118/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:961952/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2157028/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:236939/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:918221/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2604550/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2633593/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:697855/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:3202088/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:1772097/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:3423880/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:49277/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:494346/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:1342832/68‑1 (MQ=255)
 tGGCGTCGTACCGGTACGGTGCTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:1400513/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                          <  1:3153268/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                          <  1:2966869/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                          <  1:3204123/68‑1 (MQ=255)
             ggtacggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGGCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                          <  1:1100678/68‑1 (MQ=255)
              gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGTTTGTCATGAATAACGata                                        >  1:724736/1‑69 (MQ=255)
              gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata                                        >  1:543725/1‑69 (MQ=255)
              gtacggtgcTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGata                                        >  1:2379074/1‑69 (MQ=255)
                 cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTTGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg                                     <  1:1510749/69‑1 (MQ=255)
                 cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg                                     >  1:1231856/1‑69 (MQ=255)
                 cggtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATgg                                     >  1:3161361/1‑69 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCTGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    <  1:2663567/68‑1 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGa                                          <  1:1102767/62‑1 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    >  1:961915/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    >  1:1480216/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    >  1:1782332/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    <  1:2040347/68‑1 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    >  1:1786310/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    >  1:2630163/1‑68 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    <  1:1880487/68‑1 (MQ=255)
                   gtacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACAATATGGa                                    <  1:2468377/68‑1 (MQ=255)
                    tacTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGa                                    <  1:1736467/67‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:2409495/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:2367073/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:2355939/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:3033774/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:1904611/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:262571/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:2427026/69‑1 (MQ=255)
                      cTGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTATGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:1894921/69‑1 (MQ=255)
                       tGGCTACGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGGTTGTCATGAATAACGATATGGAACCg                                <  1:2602493/68‑1 (MQ=255)
                         gCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGAt                             >  1:2344656/1‑69 (MQ=255)
                           tGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                           <  1:134520/69‑1 (MQ=255)
                           tGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                           <  1:2066487/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                           <  1:2401249/68‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                           <  1:437035/68‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                          <  1:1284198/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                          <  1:756168/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                          <  1:2016852/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                          <  1:1390851/69‑1 (MQ=255)
                            gCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGc                          <  1:377724/69‑1 (MQ=255)
                            acGGTCAAACTGGAAGATGGTCAGGTTGTGGTGCAGgttgt                                                      <  1:2462010/40‑1 (MQ=21)
                              ggTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:3246168/68‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:38183/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:1686048/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:3304616/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:2069191/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:2687396/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:2392986/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:770571/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCa                         <  1:1125720/67‑1 (MQ=255)
                               gTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGCATAGCa                         <  1:58545/67‑1 (MQ=255)
                                       ggAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                           <  1:708741/57‑1 (MQ=255)
                                              ggTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac        <  1:2267912/69‑1 (MQ=255)
                                               gTCTGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac        <  1:2332925/68‑1 (MQ=255)
                                               gTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac        <  1:3226102/68‑1 (MQ=255)
                                               gTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac        <  1:1940077/68‑1 (MQ=255)
                                                tCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGcgac        <  1:2412413/67‑1 (MQ=255)
                                                    gTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCg  <  1:687405/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTCCCGCGTACGCGACGATGCg  <  1:486692/69‑1 (MQ=255)
                                                     tCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAg                           <  1:1638021/43‑1 (MQ=255)
                                                      |                                                                  
CTGGCGTCGTACCGGTACGGTACTGGCTGCGGTAAAACTGGAAGATGGTCAGGTCGTGGTACAGGTCGTCATGAATAACGATATGGAACCGGATAGCATCTTCCGCGTACGCGACGATGCG  >  minE/1941396‑1941516

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A