Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,005,051 |
G→A |
64.4% |
G233G (GGC→GGT) |
hybC ← |
hydrogenase 2, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,005,051 | 0 | G | A | 64.4%
| 44.4
/ 42.7
| 73 | G233G (GGC→GGT) | hybC | hydrogenase 2, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/17); new base A (15/32); total (24/49) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CAACAAAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATGTGCGG > minE/2004987‑2005113
|
caacaaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGTAAGACTTGATGTACATCAGGCGCT‑AAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:3053492/69‑1 (MQ=255)
caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:3191474/67‑1 (MQ=255)
caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:3426094/67‑1 (MQ=255)
caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:1283465/67‑1 (MQ=255)
caaAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCaa < 1:1122782/67‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2509754/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:241836/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:3416278/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2927889/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2274138/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1004481/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:2047523/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1929219/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:595742/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1701635/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1682809/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:746061/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1532328/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1321474/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1086448/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1412157/61‑1 (MQ=255)
ttGTCGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGa < 1:1091196/61‑1 (MQ=255)
tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATc > 1:204093/1‑68 (MQ=255)
tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:786154/1‑69 (MQ=255)
tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:2377126/1‑69 (MQ=255)
tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:1714361/1‑69 (MQ=255)
tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:2597983/1‑69 (MQ=255)
tGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCg > 1:2587814/1‑69 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCATGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2663829/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2361350/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:252494/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2708257/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2830734/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:3017097/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:927483/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1560198/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:2186552/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:428318/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1429072/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1890635/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:890300/68‑1 (MQ=255)
cGATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1896855/68‑1 (MQ=255)
gATGAAGGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCggg < 1:1214552/67‑1 (MQ=255)
gATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGtt < 1:1466059/69‑1 (MQ=255)
gATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGtt < 1:3337750/69‑1 (MQ=255)
aCTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGacac < 1:277538/69‑1 (MQ=255)
aCTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGacac < 1:1456105/69‑1 (MQ=255)
tACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTc > 1:282905/1‑54 (MQ=255)
tACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTc > 1:157987/1‑54 (MQ=255)
tACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTc > 1:3116143/1‑54 (MQ=255)
cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:495806/69‑1 (MQ=255)
cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:459093/69‑1 (MQ=255)
cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:1474325/69‑1 (MQ=255)
cTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:314306/69‑1 (MQ=255)
tCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:3342301/68‑1 (MQ=255)
tCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTg < 1:1031581/68‑1 (MQ=255)
cAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGaa < 1:2907064/69‑1 (MQ=255)
cAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGaa < 1:2024015/69‑1 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:489478/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:963421/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1066710/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1231350/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:83475/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1489255/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1569015/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1755596/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:1936129/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:3184919/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2139974/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2168808/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2322505/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:2551491/1‑69 (MQ=255)
cAGCACACCCAGACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATATgcgg > 1:3293755/1‑69 (MQ=255)
|
CAACAAAGTCGCTCAGTTTGTCGATGAAAGACTTGATGTACATCAGGCGCTCAAGGTTCAGCACGCCCAAACCGTCGAGGTTGATCGGGTTCGCGACACCACCTACCGCCAGGTTCTGAATGTGCGG > minE/2004987‑2005113
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
