Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 2,028,140 C→T 60.2% Q198Q (CAG→CAA)  parC ← DNA topoisomerase IV, subunit A

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,028,1400CT60.2% 47.1 / 75.3 108Q198Q (CAG→CAA) parCDNA topoisomerase IV, subunit A
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (19/24);  new base T (38/27);  total (57/51)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.27e-01

Only 100 of 108 total aligned reads displayed.

CGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGC  >  minE/2028095‑2028205
                                             |                                                                 
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGc                                                     >  1:65748/1‑60 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    >  1:1748750/1‑61 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    >  1:2826671/1‑61 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    <  1:2318078/61‑1 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    <  1:32157/61‑1 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    <  1:1261525/61‑1 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    >  1:638696/1‑61 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    <  1:1124034/61‑1 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    >  1:1949062/1‑61 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    >  1:798363/1‑61 (MQ=255)
cGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCg                                                    >  1:1057426/1‑61 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:2043038/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:601952/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:2899484/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:2406402/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:2659874/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:1490256/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:1587621/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:1835295/1‑69 (MQ=255)
       tGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGcc                                     >  1:2608957/1‑69 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2099627/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:226937/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2266569/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2192369/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1999799/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:900481/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2359180/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2636725/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2667103/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2806378/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2873934/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:623531/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:79000/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:882250/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1949793/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1263718/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1154197/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1122257/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1318450/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1412093/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1436383/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1469985/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1657408/41‑1 (MQ=255)
          aCGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1765592/41‑1 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:2607003/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:2130218/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:1876475/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:2932875/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:2056336/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:2227311/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:1672538/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:2532446/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:757059/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:3184863/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:1031525/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:3269302/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:3329100/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGACGCCTGAGCCACtt                                 >  1:823556/1‑69 (MQ=255)
           cGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACtt                                 >  1:3086430/1‑69 (MQ=255)
            gATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:1383620/39‑1 (MQ=255)
                tCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTc                                                              <  1:2746698/35‑1 (MQ=255)
                  cagcagCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          <  1:392582/69‑1 (MQ=255)
                  cagcagCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          <  1:1439274/69‑1 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCTACTTCACGCAg                          >  1:85646/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:1880030/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:822691/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:1679799/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:726904/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:2352730/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:1739193/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:1193357/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:1855825/1‑68 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGTGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATT‑CCGCCTGAGCCACTTCACGc                            >  1:825708/1‑65 (MQ=255)
                   agcagcTGATCGAGCGCGGTTTTCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAg                          >  1:1686933/1‑68 (MQ=255)
                                gCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGaa            <  1:1077084/69‑1 (MQ=255)
                                gCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGaa            <  1:1171680/69‑1 (MQ=255)
                                gCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGaa            <  1:1017461/69‑1 (MQ=255)
                                gCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGaa            <  1:367620/69‑1 (MQ=255)
                                gCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGaa            <  1:357509/69‑1 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:2764365/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:3029318/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:304753/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:241487/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:735692/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:2376428/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:3243775/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:3348761/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:499327/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:498061/1‑69 (MQ=255)
                                        ttCGGTTGGTCGAATAATGCGATTGCCGCCTGAGCCTCTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTc    >  1:1312985/1‑69 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:2251512/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:2199962/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:1907048/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:3180064/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:756680/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:371037/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:584600/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:444998/68‑1 (MQ=255)
                                           ggCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:402045/68‑1 (MQ=255)
                                            gCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGc  <  1:2008703/67‑1 (MQ=255)
                                             |                                                                 
CGGCCCCTGCACGATATCCAGCAGCTGATCGAGCGTGGTTTTCGGCTGGTCGATTAATGCGATTGCCGCCTGAGCCACTTCACGCAGGTTATGCGGTGGAATATCGGTCGC  >  minE/2028095‑2028205

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A