Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,056,976 |
T→A |
42.6% |
intergenic (‑7/‑200) |
ygiP ← / → ttdA |
predicted DNA‑binding transcriptional regulator/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,056,976 | 0 | T | A | 42.6%
| 48.0
/ 103.3
| 101 | intergenic (‑7/‑200) | ygiP/ttdA | predicted DNA‑binding transcriptional regulator/L‑tartrate dehydratase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/26); new base A (34/9); total (66/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGG > minE/2056918‑2057035
|
cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:2947213/69‑1 (MQ=255)
cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:1127515/69‑1 (MQ=255)
cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:731662/69‑1 (MQ=255)
cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:551500/69‑1 (MQ=255)
cGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGt < 1:2893564/69‑1 (MQ=255)
aGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAg > 1:1549559/1‑67 (MQ=255)
aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:3258980/1‑69 (MQ=255)
aCCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:414826/1‑69 (MQ=255)
ccggCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:1461144/4‑68 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:2505322/57‑1 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:3342003/57‑1 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:338178/57‑1 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:1450936/57‑1 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:2877699/57‑1 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:2869782/57‑1 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTtgt < 1:2405424/57‑1 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:1408458/1‑68 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:432169/1‑68 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:3135451/1‑68 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:2734788/1‑68 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:1432148/1‑68 (MQ=255)
ccTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCACAGTTGTGATAAGCGCAg > 1:216265/1‑68 (MQ=255)
tGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:2633653/68‑1 (MQ=255)
tGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:3226647/68‑1 (MQ=255)
tGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:2935571/68‑1 (MQ=255)
cAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:3069527/66‑1 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGAt > 1:1264441/1‑54 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2170635/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1689183/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2646763/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:3156213/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:191921/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:3287434/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:911046/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:332612/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1587609/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1493956/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:19586/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1395340/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1332569/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:631452/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:719552/1‑55 (MQ=255)
aGTCTTTGGCTAAAGGAAAGATATTTAGCATTGTTAAATa > 1:3306705/1‑40 (MQ=16)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATc > 1:840190/1‑39 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTc > 1:2277216/1‑67 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2916518/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1024297/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2630042/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:911117/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2475109/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:197272/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1867474/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:2354766/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1833263/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1314476/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:1589184/1‑68 (MQ=255)
cTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCg > 1:243493/1‑68 (MQ=255)
tGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:2718946/58‑1 (MQ=255)
tGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAgtg < 1:1498985/58‑1 (MQ=255)
cTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAAc < 1:2140227/68‑1 (MQ=255)
cTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAAc < 1:803064/68‑1 (MQ=255)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCTCAGTTTTGATa > 1:2223660/1‑42 (MQ=19)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGa > 1:589638/1‑40 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGa > 1:2989797/1‑40 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1546923/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1584688/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1262652/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1596635/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1222206/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:861696/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:214300/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2928530/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2222231/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2866541/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1087991/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2391528/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:2397417/1‑42 (MQ=25)
aGGCCAGCTATTTAGCATTGTTAAATATCCGCAGTTTTGATa > 1:1013039/1‑42 (MQ=25)
ggCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGc < 1:872957/68‑1 (MQ=255)
ccAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCAt < 1:1213295/69‑1 (MQ=255)
ccAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCAt < 1:2863073/69‑1 (MQ=255)
cTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTccc > 1:295553/1‑69 (MQ=255)
aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCaa < 1:2477070/52‑1 (MQ=255)
aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCaa < 1:2429600/52‑1 (MQ=255)
aTTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCaa < 1:2990339/52‑1 (MQ=255)
cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:2024634/1‑67 (MQ=255)
cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:2979373/1‑67 (MQ=255)
cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:1137221/1‑67 (MQ=255)
cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:3274257/1‑67 (MQ=255)
cAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:1749196/1‑67 (MQ=255)
cAGCATCGTTAATTATACGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGc > 1:1830290/1‑67 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:582700/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:318257/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:3179734/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:332219/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:2101702/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:3286369/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:2333444/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:895403/65‑1 (MQ=255)
attgTTAAATATCCGCAGTTTTGATAAACGCAGTGTATTTCGCAAAACATTACCATTCCCTGCTCTgg < 1:2384178/65‑1 (MQ=255)
|
CGATTTCTACCAGTACCTGCAAGTCTTTGGCTAAAGGCCAGCTATTCAGCATCGTTAATTATCCGCAGTTGTGATAAGCGCAGTGTATTTCGCAAAACATTGCCATTCCCTGCTCTGG > minE/2056918‑2057035
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
