Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,070,862 |
G→T |
22.5% |
R228L (CGC→CTC) |
ygjG → |
putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,070,862 | 0 | G | T | 22.5%
| 151.6
/ 31.6
| 84 | R228L (CGC→CTC) | ygjG | putrescine:2‑oxoglutaric acid aminotransferase, PLP‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/35); new base T (6/13); total (36/48) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
ACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAG > minE/2070815‑2070929
|
aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:3134690/1‑68 (MQ=255)
aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:1424714/1‑68 (MQ=255)
aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:1655725/1‑68 (MQ=255)
aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:129595/1‑68 (MQ=255)
aCTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCa > 1:2227414/1‑68 (MQ=255)
gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:2679208/67‑1 (MQ=255)
gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:1215032/67‑1 (MQ=255)
gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:2758346/67‑1 (MQ=255)
gggCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa < 1:3027795/67‑1 (MQ=255)
cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:2314750/53‑1 (MQ=255)
cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:1781301/53‑1 (MQ=255)
cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:1060656/53‑1 (MQ=255)
cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:479324/53‑1 (MQ=255)
cTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACg < 1:214828/53‑1 (MQ=255)
tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:2928934/2‑51 (MQ=255)
tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:409526/2‑51 (MQ=255)
tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:2059532/2‑51 (MQ=255)
tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:2145945/2‑51 (MQ=255)
tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:380957/2‑51 (MQ=255)
tcGTCATGTACCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGa > 1:1297477/2‑51 (MQ=255)
gTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgat < 1:1373926/68‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:2199247/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1015234/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:3072550/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:664557/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1999101/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1805537/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1411514/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:529832/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:3245557/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:2145900/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1334454/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1595535/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1585615/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:411499/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1416802/69‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatg < 1:3135181/68‑1 (MQ=255)
tCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatg < 1:3131352/68‑1 (MQ=255)
cATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGtgatga < 1:1277115/68‑1 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:2593802/1‑68 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:2583998/1‑68 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:3116214/1‑68 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:1938859/1‑68 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:533295/1‑68 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:776130/1‑68 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:1104328/1‑68 (MQ=255)
atCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCt > 1:903/1‑68 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:3425856/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:342636/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:460285/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:2714357/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:784455/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:2589030/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:948978/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:1171623/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:2137152/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:1267592/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:1472539/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:255455/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCTCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTTGCTGCGGTGATCCTCg < 1:1832209/69‑1 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:1023191/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:263102/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:1109042/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:736010/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:2749938/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:2129086/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:1357080/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:3250777/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCgg > 1:1611410/1‑43 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCg > 1:1955837/1‑69 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCg > 1:1969114/1‑69 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCg > 1:1615353/1‑69 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCg > 1:800140/1‑69 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCg > 1:1304087/1‑69 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCg > 1:1344922/1‑69 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCAAGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:375445/1‑38 (MQ=255)
tCGAAGCCATGCGCAAGGCTCTTAACGAGTGCaaaaaa > 1:1384257/1‑38 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTGTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGATcc < 1:2152121/69‑1 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAAcc < 1:1632963/69‑1 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAAcc < 1:2511344/69‑1 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAAcc < 1:1062985/69‑1 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAAcc < 1:211635/69‑1 (MQ=255)
aGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAAcc < 1:1412026/69‑1 (MQ=255)
gCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAAcc < 1:3408411/68‑1 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGatgatg > 1:459050/1‑40 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:2938304/1‑68 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:672886/1‑68 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:766667/1‑68 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:2400248/1‑68 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:857751/1‑68 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa > 1:3331077/1‑68 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:556674/1‑69 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:641810/1‑69 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:2039999/1‑69 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:2705392/1‑69 (MQ=255)
cgcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAg > 1:2032468/1‑69 (MQ=255)
gcACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCa < 1:1313982/67‑1 (MQ=255)
|
ACTGCCGGGCTTCCGTCATGTGCCGTTTGGCAATATCGAAGCCATGCGCACGGCTCTTAACGAGTGCAAAAAAACCGGTGATGATGTGGCTGCGGTGATCCTCGAACCGATTCAG > minE/2070815‑2070929
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
