Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,073,927 |
A→G |
46.3% |
S194S (TCA→TCG) |
ebgA → |
cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,073,927 | 0 | A | G | 46.3%
| 5.8
/ 68.6
| 80 | S194S (TCA→TCG) | ebgA | cryptic beta‑D‑galactosidase, alpha subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (9/34); new base G (14/23); total (23/57) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.37e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 |
GTGTGTGCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTG > minE/2073864‑2073993
|
gtgtgtgCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCg < 1:2561438/67‑1 (MQ=255)
gtgtgtgCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCg < 1:1346018/67‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTTGTCGGCgggg < 1:2001721/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2972464/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:1837598/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:201034/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2189323/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:22196/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2331455/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2396643/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2761641/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:928960/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3170249/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3300467/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3375091/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:3392559/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:592778/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:600664/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:78052/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:789493/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:1078524/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:1759428/68‑1 (MQ=255)
gtgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:1477114/68‑1 (MQ=255)
tgtgCGCGTGATGCAATGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:414824/67‑1 (MQ=255)
tGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATg > 1:1962157/1‑69 (MQ=255)
tGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATg > 1:3432735/1‑69 (MQ=255)
tGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATg > 1:1381129/1‑69 (MQ=255)
tGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATg > 1:2690530/1‑69 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTTCCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:67170/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:2940100/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:1053513/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:577335/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:2964686/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:2841634/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:1839185/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:2058757/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:1580685/68‑1 (MQ=255)
gTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGGCAGCGGGGATCTTCCGCGATGttt < 1:505329/68‑1 (MQ=255)
ggACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCgggg < 1:2551953/46‑1 (MQ=255)
ctctACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCg > 1:1915913/1‑68 (MQ=255)
ctctACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCg > 1:278809/1‑68 (MQ=255)
ctctACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCg > 1:1147899/1‑68 (MQ=255)
ctctACATACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCg > 1:437153/1‑68 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2576558/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:653359/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:1168171/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:1852270/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2425657/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2794997/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2211962/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2960260/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:408337/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:217185/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:2349841/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:1314395/69‑1 (MQ=255)
ctacctacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGGTTATCTGGTCGGaa < 1:3380964/69‑1 (MQ=255)
tacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAaca < 1:1550685/68‑1 (MQ=255)
tacGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAaca < 1:1338959/68‑1 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCTATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:779154/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTTATCGGAAAacaa > 1:1269086/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:2699398/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:2313968/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:1851263/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:1519434/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:2632424/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:2675648/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:3299076/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:1650482/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:1596563/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:1308441/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:3329859/1‑67 (MQ=255)
acGTGGAAGACCAGGATATGTAGTGGTCGGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGATCGGAAAacaa > 1:3242716/1‑67 (MQ=255)
tGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTaa > 1:862769/1‑69 (MQ=255)
aaGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaaaa < 1:3007228/59‑1 (MQ=255)
tggtggTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTc < 1:1277061/69‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGaa < 1:654187/36‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:1409347/68‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:1803298/68‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:2226647/68‑1 (MQ=255)
cAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACtgtg < 1:790961/68‑1 (MQ=255)
|
GTGTGTGCGCGTGATGCAGTGGGCGGACTCTACCTACGTGGAAGACCAGGATATGTGGTGGTCAGCGGGGATCTTCCGCGATGTTTATCTGGTCGGAAAACACCTAACGCATATTAACGATTTCACTGTG > minE/2073864‑2073993
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
