Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,109,346 |
A→G |
28.0% |
A30A (GCA→GCG) |
agaB → |
N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,109,346 | 0 | A | G | 28.0%
| 119.4
/ 49.6
| 114 | A30A (GCA→GCG) | agaB | N‑acetylgalactosamine‑specific enzyme IIB component of PTS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/54); new base G (14/18); total (42/72) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.90e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTA > minE/2109278‑2109413
|
ttAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCTGTGCa > 1:2081070/1‑69 (MQ=255)
ttAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCTGTGCa > 1:1989269/1‑69 (MQ=255)
ttAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCTGTGCa > 1:149184/1‑69 (MQ=255)
tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:2050945/69‑1 (MQ=255)
tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:1665399/69‑1 (MQ=255)
tATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATctgct < 1:1930075/69‑1 (MQ=255)
ttGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCaaa > 1:492881/1‑61 (MQ=255)
ttGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCaaa > 1:230656/1‑61 (MQ=255)
aaCCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTc > 1:2711243/1‑69 (MQ=255)
aaCCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTc > 1:1681139/1‑69 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1650269/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:287160/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3210288/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2345360/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2954598/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3116342/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2168890/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:262769/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:357365/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:109485/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1526788/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:2552782/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:3177588/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1837837/69‑1 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACg > 1:545143/1‑68 (MQ=255)
tGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGACGTTGTCGCTAACga < 1:1985316/69‑1 (MQ=255)
ggCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACga < 1:1006211/68‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:2483610/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:826021/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:750021/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1946782/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1361802/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:3138044/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1493742/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:3428553/69‑1 (MQ=255)
tGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1582216/69‑1 (MQ=255)
gACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGata < 1:1406355/68‑1 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGt > 1:3093093/1‑35 (MQ=38)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAAc > 1:584601/1‑67 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:2527087/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:2293396/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1872601/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:299400/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:2107375/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1934852/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1933706/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:3357987/1‑68 (MQ=255)
aCATCCACCATCGGTGCGAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACa > 1:1239909/1‑68 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3049912/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2945506/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3126199/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2470155/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3301617/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:3434188/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:278368/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:520381/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:271278/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:542213/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:876594/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1567976/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1769722/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1870036/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:2109057/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1593766/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:226765/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1150215/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:2509342/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1092075/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2560531/69‑1 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt > 1:1145885/1‑69 (MQ=255)
caccaTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAt > 1:1145697/1‑68 (MQ=255)
aTCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATg < 1:1262409/69‑1 (MQ=255)
cGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATggg < 1:2289634/69‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:2636695/39‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:3420882/39‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:3289072/39‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:735786/39‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCt < 1:2973463/39‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1105177/62‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1970279/62‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:3102823/62‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:1628504/62‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:355800/62‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAAtt < 1:2473083/62‑1 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGt > 1:1717614/1‑69 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGt > 1:2185644/1‑69 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGt > 1:478679/1‑69 (MQ=255)
ggTGCAAATCTGCTGGTAGTCGT‑GATGATGTTGTCGCt < 1:3237649/38‑1 (MQ=38)
gCAAATCTGTTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:1883766/1‑69 (MQ=255)
gCAAATCTGCTTGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:2973792/69‑1 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTaa > 1:556318/1‑38 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:766579/69‑1 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:1011797/1‑69 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:1549925/69‑1 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:1661200/69‑1 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:3223638/1‑69 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:1776286/1‑69 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:1994394/1‑69 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt > 1:2760872/1‑69 (MQ=255)
gCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTAtt < 1:2625414/69‑1 (MQ=255)
|
TTAACCCGTATTGATAACCGTCTGGTTCACGGTCAGGTTGGCGTGACCTGGACATCCACCATCGGTGCAAATCTGCTGGTAGTCGTGGATGATGTTGTCGCTAACGATGATATTCAACAGAAATTAATGGGTATTA > minE/2109278‑2109413
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
