Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,147,953 |
T→C |
50.0% |
N404S (AAC→AGC) |
glmM ← |
phosphoglucosamine mutase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,147,953 | 0 | T | C | 50.0%
| ‑4.2
/ 45.2
| 52 | N404S (AAC→AGC) | glmM | phosphoglucosamine mutase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (15/11); new base C (21/5); total (36/16) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 |
TTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCC > minE/2147892‑2148017
|
ttacaccaTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCAACGGCTACCCAg > 1:1740091/4‑69 (MQ=255)
ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:1345220/1‑69 (MQ=255)
ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:3323421/1‑69 (MQ=255)
ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:176747/1‑69 (MQ=255)
ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:3317382/1‑69 (MQ=255)
ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:2329097/1‑69 (MQ=255)
ttCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAg > 1:2654886/1‑69 (MQ=255)
ccaTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCa < 1:1847822/68‑1 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAgcgccg > 1:1783623/1‑66 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAgcgccg > 1:1942219/1‑66 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAgcgccg > 1:2657454/1‑66 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:1299298/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2565608/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2441221/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2422580/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2359442/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2678920/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:2739955/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:3195561/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:1581918/1‑69 (MQ=255)
caTCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGcgccgc > 1:577615/1‑69 (MQ=255)
cACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTc < 1:2637292/69‑1 (MQ=255)
cACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTc < 1:2566529/69‑1 (MQ=255)
cACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGAAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTc < 1:1832847/69‑1 (MQ=255)
aCGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCa < 1:2220482/69‑1 (MQ=255)
gCCGGATTTACGCAACAGCACACGTCCACGGCTACCCAGCGCCGCTTCAACTTCTGCGGTCACAGCttt > 1:256930/1‑69 (MQ=255)
ccGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTa > 1:1335014/1‑69 (MQ=255)
ccGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTa > 1:2401999/1‑69 (MQ=255)
ccGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTa > 1:2180213/1‑69 (MQ=255)
ccGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTa > 1:1784354/1‑69 (MQ=255)
tttACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGa > 1:2317386/1‑69 (MQ=255)
tttACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGa > 1:2305683/1‑69 (MQ=255)
tttACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGa > 1:639229/1‑69 (MQ=255)
tttACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGa > 1:1940757/1‑69 (MQ=255)
tttACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGa > 1:3301868/1‑69 (MQ=255)
tttACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGa > 1:1729681/1‑69 (MQ=255)
tACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACt > 1:818892/1‑69 (MQ=255)
tACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACt > 1:419150/1‑69 (MQ=255)
tACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACt > 1:3324384/1‑69 (MQ=255)
tACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACt > 1:2835059/1‑69 (MQ=255)
gcgTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:702300/69‑1 (MQ=255)
gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:541363/69‑1 (MQ=255)
gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:554662/69‑1 (MQ=255)
gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:2826442/69‑1 (MQ=255)
gcgTCCACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:2274871/69‑1 (MQ=255)
cACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgc > 1:1491030/1‑69 (MQ=255)
cACGGCTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCGTTAACTGACTCATGCTCAAGTgg < 1:3220917/64‑1 (MQ=255)
cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:3405276/68‑1 (MQ=255)
cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:542142/68‑1 (MQ=255)
cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:641562/68‑1 (MQ=255)
cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:715607/68‑1 (MQ=255)
cGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATcgcc < 1:719998/68‑1 (MQ=255)
|
TTCCACCATCACGCGAATTAACGGTTCGGTGCCGGATTTACGCAGCAACACGCGTCCACGGTTGCCCAGCGCAGCTTCAACCTCTGCGGTCACGGCTTTAACTGACTCATGCTCAAGTGGATCGCC > minE/2147892‑2148017
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
