Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,156,449 |
G→T |
52.9% |
S133S (TCC→TCA) |
obgE ← |
GTPase involved in cell partioning and DNA repair |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,156,449 | 0 | G | T | 52.9%
| ‑3.9
/ 57.8
| 51 | S133S (TCC→TCA) | obgE | GTPase involved in cell partioning and DNA repair |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (13/11); new base T (11/16); total (24/27) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.06e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGA > minE/2156383‑2156506
|
cTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACgg < 1:2139456/68‑1 (MQ=255)
cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:553358/1‑69 (MQ=255)
cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:3296405/1‑69 (MQ=255)
cagcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGCTGTACGGTTAACGGACGATTTGaa > 1:3188072/1‑69 (MQ=255)
agcTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGaaa > 1:2267726/1‑69 (MQ=255)
cgcgCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACggg < 1:898731/69‑1 (MQ=255)
cgcgCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACggg < 1:1316631/69‑1 (MQ=255)
cGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGcc < 1:1250715/67‑1 (MQ=255)
cGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGcc < 1:2073098/67‑1 (MQ=255)
gCCCTGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2327599/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2470731/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3007254/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2424056/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2327774/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2194750/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:2029854/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:193438/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:1753333/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3339155/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:369676/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:650685/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:764190/68‑1 (MQ=255)
gCCCGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:1075850/68‑1 (MQ=255)
cccGGCGTACCGTTAGTTTTCTGCCGTGGTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCa < 1:3427035/67‑1 (MQ=255)
gCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGt < 1:3355/69‑1 (MQ=255)
gCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGt < 1:3064786/69‑1 (MQ=255)
ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCg > 1:1513432/1‑58 (MQ=255)
ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgcc > 1:2429258/1‑69 (MQ=255)
ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgcc > 1:1547316/1‑69 (MQ=255)
ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgcc > 1:1537801/1‑69 (MQ=255)
ggTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAgccgc > 1:1355741/1‑68 (MQ=255)
tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:1093401/69‑1 (MQ=255)
tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:838898/69‑1 (MQ=255)
tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:1352837/69‑1 (MQ=255)
tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:404278/69‑1 (MQ=255)
tttCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCtt < 1:1910712/69‑1 (MQ=255)
tggTGTACGGTTAACTGACGACTTGAAACGTGTATTGCCCa < 1:1508632/40‑1 (MQ=255)
gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:924701/1‑69 (MQ=255)
gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:2254216/1‑69 (MQ=255)
gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:1062683/1‑69 (MQ=255)
gtACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGa > 1:2781446/1‑69 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:1511337/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:3397062/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:2106317/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:456810/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:1491364/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:616979/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:744948/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:832497/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:2928588/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:911318/1‑61 (MQ=255)
ttAACTGACGACTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACcagca > 1:275546/1‑61 (MQ=255)
|
CTCCAGCAGCAGCTCGCGCTTATCGCCCGGCGTGCCGTTGGTTTTCTGCCGCGGTGTACGGTTAACGGACGATTTGAAACGGGTATTGCCCAGACCGTGCCAGCCGCCCTTAGCAACCAGCAGA > minE/2156383‑2156506
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
