Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,175,971 |
T→C |
54.8% |
G716G (GGA→GGG) |
arcB ← |
hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ArcA |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,175,971 | 0 | T | C | 54.8%
| 8.5
/ 40.4
| 53 | G716G (GGA→GGG) | arcB | hybrid sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ArcA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (5/19); new base C (10/19); total (15/38) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.19e-01 |
GAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCA > minE/2175904‑2176023
|
gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:757788/69‑1 (MQ=255)
gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:1194738/69‑1 (MQ=255)
gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:580448/69‑1 (MQ=255)
gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:434372/69‑1 (MQ=255)
gAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtc < 1:1505654/69‑1 (MQ=255)
tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc > 1:2211282/1‑68 (MQ=255)
tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc > 1:1365425/1‑68 (MQ=255)
tGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGtccttc > 1:320079/1‑68 (MQ=255)
gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:875354/68‑1 (MQ=255)
gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:802379/68‑1 (MQ=255)
gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:2622925/68‑1 (MQ=255)
gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:1359393/68‑1 (MQ=255)
gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:2729817/68‑1 (MQ=255)
gATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTa < 1:1620829/68‑1 (MQ=255)
aTGGCGTACCCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:1499076/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCTCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2995100/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCTCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:131838/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:3137148/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2822145/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2454263/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:3150205/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2689580/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:264404/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2560409/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2527290/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:913102/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2145145/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:1551749/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:1917449/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:1918219/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:1937945/69‑1 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:1007729/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:808519/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:38464/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:1901297/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:1972717/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:2270249/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:1006204/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:1962600/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTAAt > 1:2522295/1‑68 (MQ=255)
aTGGCGTAACACCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:2930939/69‑1 (MQ=255)
ggCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATcc > 1:1591391/1‑68 (MQ=255)
ggCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATcc > 1:2884926/1‑68 (MQ=255)
ggCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt > 1:1503376/1‑69 (MQ=255)
ggCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCt > 1:814794/1‑69 (MQ=255)
gACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTc < 1:1157279/69‑1 (MQ=255)
gACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTc > 1:1179450/1‑69 (MQ=255)
aCCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTc < 1:2338638/68‑1 (MQ=255)
cgcACCTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:735349/45‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:683752/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:2783586/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:108640/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:8127/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:231113/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:696934/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:1414047/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:3390224/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:1439269/69‑1 (MQ=255)
cACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:2843368/69‑1 (MQ=255)
ccTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCa < 1:1237008/67‑1 (MQ=255)
ccTTTAATTTTATGCCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATc < 1:1446909/41‑1 (MQ=255)
|
GAATTTGCTGACCCAGCTGTTGCAGATGGCGTAACCCCACTGACCCCGCCGCACCTTTAATTTTATGTCCTTCCTCAACAATGCCTTTTTTATCCTGCGCCGTCAGATTCGACTCCAGCA > minE/2175904‑2176023
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
