Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,179,455 |
A→G |
56.3% |
intergenic (‑312/‑270) |
yhcC ← / → gltB |
predicted Fe‑S oxidoreductase/glutamate synthase, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,179,455 | 0 | A | G | 56.3%
| 23.1
/ 59.8
| 81 | intergenic (‑312/‑270) | yhcC/gltB | predicted Fe‑S oxidoreductase/glutamate synthase, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (22/13); new base G (7/38); total (30/51) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.75e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.44e-01 |
GCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCA > minE/2179390‑2179515
|
gCTGGTTTTCTCGTCTGTTCAAGGCAGTATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:195941/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2613022/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2558346/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2669923/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:241604/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2370760/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2327826/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2897597/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2232919/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2074593/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2913209/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3064584/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3068502/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3182996/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3226734/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:1428683/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTCTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:1088873/68‑1 (MQ=255)
gCTGGTTTTATCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2670864/68‑1 (MQ=255)
ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTctct < 1:271407/69‑1 (MQ=255)
ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTctct < 1:464298/69‑1 (MQ=255)
ttGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGCTTctct < 1:436972/69‑1 (MQ=255)
tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGt > 1:327013/3‑62 (MQ=255)
tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTtc > 1:2171169/3‑65 (MQ=255)
tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTctct > 1:2100499/3‑68 (MQ=255)
tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:253970/3‑69 (MQ=255)
tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:1130213/3‑69 (MQ=255)
tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:2369551/3‑69 (MQ=255)
tctcgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTa > 1:1351238/3‑69 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGTATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2431259/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:842546/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:148894/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2358768/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2354875/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1305363/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:333477/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1790779/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:3007440/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1368322/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:1979178/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2007849/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2157576/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:789173/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1903710/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:225038/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:223786/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1709600/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1680226/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAAc < 1:1009720/68‑1 (MQ=255)
cgtcAGTTCAAGGCAGGATAAGCGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:2947607/68‑1 (MQ=255)
gtcAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGCCTTTATGACAGTCAGGTATTGGCTGTTTCTCTAAc < 1:637095/67‑1 (MQ=255)
tcAGTTCAAGGCAGGATATGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:981302/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:3068301/51‑1 (MQ=255)
cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2454368/49‑1 (MQ=255)
cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGCCTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1428241/1‑69 (MQ=255)
cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1596363/1‑69 (MQ=255)
cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:1053472/1‑69 (MQ=255)
cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:3180363/1‑69 (MQ=255)
cAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCt > 1:294195/1‑69 (MQ=255)
tAAGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2024038/39‑1 (MQ=25)
aGGGTTAACACGACTTTATGACAGTCAGGTATTGGCt < 1:2653633/37‑1 (MQ=25)
tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1999737/1‑69 (MQ=255)
tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1060701/1‑69 (MQ=255)
tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1619236/1‑69 (MQ=255)
tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:1226340/1‑69 (MQ=255)
tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:2271775/1‑69 (MQ=255)
tAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCACTTTTAGCCTTAAAGATaa > 1:944602/1‑69 (MQ=255)
acacCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATc > 1:3334320/1‑69 (MQ=255)
acacCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATc > 1:1231503/1‑69 (MQ=255)
aGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCa < 1:1394571/69‑1 (MQ=255)
aGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCa < 1:3136443/69‑1 (MQ=255)
aGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCa < 1:1887766/69‑1 (MQ=255)
cAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTc > 1:3115577/1‑69 (MQ=255)
cAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTc > 1:2553469/1‑69 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTc > 1:3381804/1‑68 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:2385789/1‑69 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:145396/1‑69 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:1420914/1‑69 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:380522/1‑69 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:431992/1‑69 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:1172943/1‑69 (MQ=255)
aGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCa > 1:164965/1‑69 (MQ=255)
|
GCTGGTTTTGTCGTCAGTTCAAGGCAGGATAAGGGTTAACACACCTTTATGACAGTCAGGAATTGACTGTTTCTCTAACGACTTCCCTTTTAGCCTTAAAGATAAAATCCATTTTAATTTCAGTCA > minE/2179390‑2179515
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
