Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,200,724 |
C→T |
39.2% |
intergenic (+269/‑96) |
argR → / → yhcN |
DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding/conserved hypothetical protein |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,200,724 | 0 | C | T | 39.2%
| 56.6
/ 70.1
| 107 | intergenic (+269/‑96) | argR/yhcN | DNA‑binding transcriptional dual regulator, L‑arginine‑binding/conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/60); new base T (18/24); total (23/84) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.43e-05 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
TTTAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACA > minE/2200659‑2200783
|
tttAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:102972/1‑69 (MQ=255)
tttAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:2064751/1‑69 (MQ=255)
tttAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:947846/1‑69 (MQ=255)
tttAATTC‑TTTTTGTTATTAAAACTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGt > 1:2859294/1‑68 (MQ=255)
aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:1113090/68‑1 (MQ=255)
aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:748903/68‑1 (MQ=255)
aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:1332559/68‑1 (MQ=255)
aTTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatt < 1:2251741/68‑1 (MQ=255)
cTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTattaatt < 1:1732819/69‑1 (MQ=255)
ttcttattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:3112873/63‑1 (MQ=255)
ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:616278/66‑1 (MQ=255)
ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:346270/66‑1 (MQ=255)
ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:3111700/66‑1 (MQ=255)
ttGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAg < 1:2160668/66‑1 (MQ=255)
gTTATTGAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:435815/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:224303/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:1838556/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:2546892/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:1800079/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:2203879/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:1748328/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:1638721/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:2595212/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:3077526/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:670890/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:13737/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:692633/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:7766/1‑64 (MQ=255)
gTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGTGGTATTAATTAg > 1:804634/1‑64 (MQ=255)
tattaATATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCTGTatt < 1:1331102/56‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:474212/68‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:2404436/68‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:2092785/68‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:209135/68‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:106733/68‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:1072010/68‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:146377/68‑1 (MQ=255)
tattaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:1326389/68‑1 (MQ=255)
attaAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:2287163/67‑1 (MQ=255)
aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:85473/69‑1 (MQ=255)
aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:1925557/69‑1 (MQ=255)
aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:825424/69‑1 (MQ=255)
aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:1877500/69‑1 (MQ=255)
aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:2268044/69‑1 (MQ=255)
aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:2435851/69‑1 (MQ=255)
aTTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAA‑TAGCTCAATAATTAgtg < 1:1913057/68‑1 (MQ=255)
ttCACATTTTTAAGACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:248627/68‑1 (MQ=255)
ttCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAgtg < 1:2893069/68‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:1123760/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:123551/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:1314567/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:823096/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:591420/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:3148261/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:896915/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:3079712/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:1984910/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:1734804/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:2622472/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:2704236/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAgcgc > 1:2583442/1‑40 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatta < 1:228556/47‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatta < 1:3420803/47‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatta < 1:2679822/47‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatta < 1:304984/47‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatta < 1:2992699/47‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatta < 1:1974080/47‑1 (MQ=255)
cacaTTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTatta < 1:506011/47‑1 (MQ=255)
tttttAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCaat < 1:1426773/54‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAACTGAAGCAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGa < 1:703298/69‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGa < 1:907639/69‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGa < 1:376267/69‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGa < 1:643342/69‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGa < 1:1436007/69‑1 (MQ=255)
ttAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGa < 1:3147353/69‑1 (MQ=255)
cAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACa < 1:1446020/69‑1 (MQ=255)
cAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACa < 1:459249/69‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:1804551/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:2245396/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:217676/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:639679/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:1427566/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:2046328/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:2611646/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:535911/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:488085/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:1431861/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:423645/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:3421857/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:3238572/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:262133/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:1604099/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:3091742/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:1655571/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:2966564/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:2861595/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:1706509/47‑1 (MQ=255)
gTTAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:2828628/47‑1 (MQ=255)
ttAGCGTTGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:2783068/46‑1 (MQ=255)
tAGCGTGGTATTAATTAGTTCAATAATTAGTGTATACTTGAtttt < 1:1800661/45‑1 (MQ=255)
|
TTTAATTCTTTTTTGTTATTAAAATTCACATTTTTAACACTTAGTATCAACTGAAACAGTTAGCGCGGTATTAATTAGCTCAATAATTAGTGTATACTTGATTTTGTGATATGGGTCACGAAACA > minE/2200659‑2200783
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
