Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,239,256 |
T→C |
38.1% |
A402A (GCA→GCG) |
zraS ← |
sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,239,256 | 0 | T | C | 38.1%
| 67.5
/ 83.8
| 127 | A402A (GCA→GCG) | zraS | sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with ZraR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/47); new base C (15/33); total (47/80) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.49e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.21e-01 |
Only 100 of 140 total aligned reads displayed.
CCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTC > minE/2239194‑2239322
|
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2298968/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:2755895/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:818068/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1504753/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:1470643/69‑1 (MQ=255)
cccAGTCCGGTGCCTTCGGCTTTGGTGGTGAAGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCa < 1:719838/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:3258418/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:197722/69‑1 (MQ=255)
aaTCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAAtt < 1:2082581/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1244592/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1911096/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:1998670/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:2742163/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3419004/69‑1 (MQ=255)
tttAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGt < 1:3365288/69‑1 (MQ=255)
gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:2619373/1‑69 (MQ=255)
gAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAt > 1:1132016/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1937268/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1876252/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2661150/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2696343/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2905332/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1061595/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1608634/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:2960404/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1546477/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:788706/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:1286296/1‑69 (MQ=255)
aaGTACGGGGTGAAGATGGCTTCAAGCTGATACGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtt > 1:120724/1‑69 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2290870/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:936549/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:848932/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2327793/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:755623/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:738368/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:7101/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2654470/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:559674/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:52403/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:439393/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2779903/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:2799425/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:2215267/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1788508/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:1624298/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt > 1:18820/1‑40 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:162323/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1338777/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1249156/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCtt < 1:1068400/40‑1 (MQ=255)
gAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCt > 1:47001/1‑39 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCATTTCCCTTACCg > 1:3136209/1‑39 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgcg > 1:875077/1‑69 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgcg > 1:1735169/1‑69 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgc > 1:579754/1‑68 (MQ=255)
aaGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCcgc > 1:1361389/1‑68 (MQ=255)
tGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGcgccgc > 1:498613/1‑69 (MQ=255)
tGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGcgccgc > 1:1522939/1‑69 (MQ=255)
tGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGcgccgc > 1:1798480/1‑69 (MQ=255)
gCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCtt > 1:2266359/1‑69 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:3071465/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:259483/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2719205/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:3248530/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:3241078/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:3192586/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:1976521/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:311104/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2812132/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:1678624/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:168786/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2683553/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2168071/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCCTTACCGCTGGCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:2465997/55‑1 (MQ=255)
ttCAAGCTGATCCGCCGCAATTCCATTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGc < 1:1791304/55‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1205773/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:379406/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1123135/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2477566/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1558404/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:2747493/69‑1 (MQ=255)
aTCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:262156/69‑1 (MQ=255)
aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:3270524/1‑69 (MQ=255)
aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:2589791/1‑69 (MQ=255)
aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:1196623/1‑69 (MQ=255)
aaGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCt > 1:123315/1‑69 (MQ=255)
cTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTc < 1:1232489/63‑1 (MQ=255)
cTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTc < 1:2328018/68‑1 (MQ=255)
cTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTc < 1:775781/68‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:105486/39‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:922841/39‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:2183419/1‑39 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:268069/1‑39 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:2052608/1‑39 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:696047/1‑39 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:3150316/39‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt < 1:1617870/39‑1 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:2592705/1‑39 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:1490975/1‑39 (MQ=255)
tGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGAtttt > 1:419347/1‑39 (MQ=255)
|
CCCAATCCGGTGCCTTCGGCTTTAGTGGTGAAGTACGGAGTGAAGATGGCATCAAGCTGATCTGCCGCAATTCCCTTACCGCTGTCGGTAACGCTGATTTTCACGCCCGCGCCGCTTTCGCTGGCCGTC > minE/2239194‑2239322
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
