Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,290,737 |
A→G |
46.0% |
V483V (GTA→GTG) |
ppc → |
phosphoenolpyruvate carboxylase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,290,737 | 0 | A | G | 46.0%
| 4.1
/ 52.1
| 63 | V483V (GTA→GTG) | ppc | phosphoenolpyruvate carboxylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/17); new base G (18/11); total (35/28) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTC > minE/2290671‑2290795
|
tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:1659191/1‑69 (MQ=255)
tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:942053/1‑69 (MQ=255)
tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:1612835/1‑69 (MQ=255)
tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:646051/1‑69 (MQ=255)
tGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACt > 1:1330579/1‑69 (MQ=255)
cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:1138291/69‑1 (MQ=255)
cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:1496560/69‑1 (MQ=255)
cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:715509/69‑1 (MQ=255)
cACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTcc < 1:933551/69‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:877302/1‑67 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:1253930/1‑67 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:2466729/1‑67 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:2752981/1‑67 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:1587371/1‑67 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:122148/1‑67 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACctgctgct > 1:3024159/1‑67 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:220617/69‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:2941322/69‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:2367009/69‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:1746810/69‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:1693006/69‑1 (MQ=255)
ccATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGa < 1:525819/69‑1 (MQ=255)
gccgccTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAaagaa > 1:1245138/1‑69 (MQ=255)
cGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTAt > 1:3397262/1‑69 (MQ=255)
cGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTAt > 1:2611266/1‑69 (MQ=255)
cGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTAt > 1:537068/1‑69 (MQ=255)
aTCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCggg > 1:2998548/1‑69 (MQ=255)
aTCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCggg > 1:2541947/1‑69 (MQ=255)
aTCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCggg > 1:2104824/1‑69 (MQ=255)
ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:2254814/61‑1 (MQ=255)
ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:1543001/61‑1 (MQ=255)
ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:1365867/61‑1 (MQ=255)
ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:1298890/61‑1 (MQ=255)
ctcGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGATGCTGAAAGAAGCGGGt < 1:2834058/61‑1 (MQ=255)
gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:2828983/1‑69 (MQ=255)
gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:1977250/1‑69 (MQ=255)
gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:698127/1‑69 (MQ=255)
gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:1272093/1‑69 (MQ=255)
gCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATg > 1:2116979/1‑69 (MQ=255)
gCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2865207/69‑1 (MQ=255)
gCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2339396/69‑1 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3045748/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:1338093/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:477209/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:1214507/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:357648/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3239970/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3116969/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:3035856/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:2982008/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:2759804/1‑69 (MQ=255)
cGTCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTc > 1:1047870/1‑69 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:196528/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:51384/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:1526696/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:1474958/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:1994058/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2771688/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:699824/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:845881/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2086440/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:2578518/65‑1 (MQ=255)
tCCGACGTGCTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGc < 1:996077/65‑1 (MQ=255)
|
TGCCGAAGCACCGCAAGGCTCCATTGCCGCCTACGTGATCTCGATGGCGAAAACGCCGTCCGACGTACTGGCTGTCCACCTGCTGCTGAAAGAAGCGGGTATCGGGTTTGCGATGCCGGTTGCTC > minE/2290671‑2290795
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
