Sample Resequencing Stats

Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
ALE, Flask, Isolate Predicted Mutations Mean Coverage Total Reads Percent Mapped Mapped Reads Average Read Length
A2 F1 I0 R1 4577 57.4 3436498 77.7% 2670158 63.4

Breseq alignment

BRESEQ :: Evidence
Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA minE 2,312,371 G→C 36.9% R272R (CGG→CGC)  menA → 1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*minE2,312,3710GC36.9% 72.7 / 79.6 92R272R (CGG→CGC) menA1,4‑dihydroxy‑2‑naphthoate octaprenyltransferase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (30/28);  new base C (5/29);  total (35/57)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.86e-04
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.04e-01

CTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCT  >  minE/2312306‑2312439
                                                                 |                                                                    
cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:244762/68‑1 (MQ=255)
cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:2831948/68‑1 (MQ=255)
cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:1205960/68‑1 (MQ=255)
cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:173299/68‑1 (MQ=255)
cTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:72773/68‑1 (MQ=255)
     gggCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGa                                                              >  1:298891/1‑69 (MQ=255)
        ctggctgTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGAccc                                                           >  1:2090738/1‑69 (MQ=255)
        ctggctgTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGAccc                                                           >  1:1579331/1‑69 (MQ=255)
                 ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGa                                                   >  1:3299865/1‑68 (MQ=255)
                 ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGa                                                   >  1:768556/1‑68 (MQ=255)
                 ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGAt                                                  >  1:2243209/1‑69 (MQ=255)
                 ccTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGAt                                                  >  1:377456/1‑69 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:2383971/39‑1 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:1553170/39‑1 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:1190978/39‑1 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGa                                                                    <  1:1038816/39‑1 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc                                       >  1:1416556/1‑68 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc                                       >  1:73361/1‑68 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc                                       >  1:540288/1‑68 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc                                       >  1:76266/1‑68 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGc                                       >  1:1190317/1‑68 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCCACCAATGc                                       >  1:2664504/1‑68 (MQ=255)
                             aCCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCCGGa                                                                    <  1:3357038/39‑1 (MQ=255)
                                aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa                                   >  1:1815978/1‑69 (MQ=255)
                                aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa                                   >  1:3305147/1‑69 (MQ=255)
                                aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa                                   >  1:2158556/1‑69 (MQ=255)
                                aTTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGa                                   >  1:2162395/1‑69 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:280314/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:276324/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:2615744/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:2652246/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:775703/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:2446551/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:1273600/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:505082/68‑1 (MQ=255)
                                     tGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:1604530/68‑1 (MQ=255)
                                      ggTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGt                               <  1:2839444/67‑1 (MQ=255)
                                          aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg                           >  1:894753/1‑67 (MQ=255)
                                          aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg                           >  1:794946/1‑67 (MQ=255)
                                          aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg                           >  1:3381423/1‑67 (MQ=255)
                                          aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg                           >  1:1065705/1‑67 (MQ=255)
                                          aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg                           >  1:1197333/1‑67 (MQ=255)
                                          aagcaagcCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTg                           >  1:2058687/1‑67 (MQ=255)
                                             caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       >  1:307012/1‑68 (MQ=255)
                                             caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       >  1:1897667/1‑68 (MQ=255)
                                             caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       >  1:1900838/1‑68 (MQ=255)
                                             caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCa                        >  1:743191/1‑67 (MQ=255)
                                             caagcTCGTTATGTGATGCGCGAAATGGACCAGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       >  1:2217961/1‑68 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:2322101/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:2303027/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:120923/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:1231152/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:416609/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:3418069/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:3218482/69‑1 (MQ=255)
                                                    gTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGt               <  1:2070946/69‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCTGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa             >  1:182938/1‑68 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa             >  1:2942294/1‑68 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa             >  1:1752914/1‑68 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa             >  1:1847635/1‑68 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa             >  1:2522115/1‑68 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa             >  1:24484/1‑68 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTa             >  1:898174/1‑68 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1116615/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:2572694/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:225037/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1289528/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1456430/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:609540/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:569646/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:262153/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1501989/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:512902/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1618322/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:464496/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:45277/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1712837/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:2029107/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:2989521/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:3002096/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:2712316/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:3112992/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:2658575/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:3254787/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:2381579/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:3353896/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1778580/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:3401484/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:2637201/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:35716/58‑1 (MQ=255)
                                                       aTGTGATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:1957763/58‑1 (MQ=255)
                                                           gATGCGCGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGCACTGTCaa                       <  1:654931/54‑1 (MQ=255)
                                                                 ggAAATGGACCCGGTGGCTATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACct  >  1:904673/1‑69 (MQ=255)
                                                                 ggAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACct  >  1:1261168/1‑69 (MQ=255)
                                                                 |                                                                    
CTGTGGGGCTGGCTGTTCCTGCTGGCGGCACCATTACTGGTGAAGCAAGCCCGTTATGTGATGCGGGAAATGGACCCGGTGGCGATGCGACCAATGCTGGAACGTACTGTCAAGGGAGCGTTACTGACTAACCT  >  minE/2312306‑2312439

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑

GATK/CNVnator alignment

N/A