Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,385,126 |
G→C |
30.9% |
D145E (GAC→GAG) |
metE ← |
5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine S‑methyltransferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,385,126 | 0 | G | C | 30.9%
| 78.2
/ 44.9
| 68 | D145E (GAC→GAG) | metE | 5‑methyltetrahydropteroyltriglutamate‑ homocysteine S‑methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (20/27); new base C (7/14); total (27/41) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 |
CAGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTA > minE/2385061‑2385188
|
caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:1025031/1‑69 (MQ=255)
caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:1180535/1‑69 (MQ=255)
caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:2209657/1‑69 (MQ=255)
caGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTcc > 1:1306977/1‑69 (MQ=255)
ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:2169414/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:3422807/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:1291833/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:1947363/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:3155107/69‑1 (MQ=255)
ggTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTg < 1:3332092/69‑1 (MQ=255)
tttCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGaa < 1:597868/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:2182407/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:2331271/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:3400244/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:3385107/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1686033/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:2756724/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:845692/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1431298/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1343535/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:952757/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1212536/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:995536/69‑1 (MQ=255)
tCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:1093534/69‑1 (MQ=255)
tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:945201/69‑1 (MQ=255)
tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:377160/69‑1 (MQ=255)
tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:1182318/69‑1 (MQ=255)
tgtgGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACATCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:1904262/69‑1 (MQ=255)
gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2844722/69‑1 (MQ=255)
gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:505130/69‑1 (MQ=255)
gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:791418/69‑1 (MQ=255)
gCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1670752/69‑1 (MQ=255)
ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:2151397/1‑68 (MQ=255)
ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:1950263/1‑68 (MQ=255)
ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:1841008/1‑68 (MQ=255)
ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTa > 1:85687/1‑68 (MQ=255)
ccagcgccagcgCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCGTTa > 1:2569150/1‑68 (MQ=255)
agcgccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGaa < 1:1083156/53‑1 (MQ=255)
agcgccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACg < 1:3043347/69‑1 (MQ=255)
gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:2876273/1‑46 (MQ=255)
gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:67248/1‑46 (MQ=255)
gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:540693/1‑46 (MQ=255)
gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:2781088/1‑46 (MQ=255)
gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:866166/1‑46 (MQ=255)
gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:726766/1‑46 (MQ=255)
gcgccagcgccTCGTCCACTTCCTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:370445/1‑46 (MQ=255)
gccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAAc > 1:1552509/1‑69 (MQ=255)
gccagcgccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAAc > 1:2468982/1‑69 (MQ=255)
gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAg > 1:1892628/1‑38 (MQ=255)
gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:1768429/1‑69 (MQ=255)
gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:1887391/1‑69 (MQ=255)
gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:3148931/1‑69 (MQ=255)
gccTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGc > 1:1828495/1‑69 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1196508/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1488366/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:1323765/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:659541/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:643897/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:501739/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2154755/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2549422/53‑1 (MQ=255)
tCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCttt < 1:2974912/53‑1 (MQ=255)
gTCCACTTCCTCCAGCAGCTTCGTCCAGGTCAGTTTGAACt < 1:900458/41‑1 (MQ=38)
cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:657054/1‑69 (MQ=255)
cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:499332/1‑69 (MQ=255)
cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:1409826/1‑69 (MQ=255)
cACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTa > 1:3047572/1‑69 (MQ=255)
cTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGc < 1:2610550/42‑1 (MQ=255)
|
CAGGTAACCGGCCCCAGCAGCACAGGTTTCACCTTGTGGCCCAGCGCCAGCGCCTCGTCCACTTCGTCCAGCAGCTGCGTCCAGGTCAGTTTGAACTGTTGGCCTTTAACGAACTCCGGCACCATGTA > minE/2385061‑2385188
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
