Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,413,436 |
C→A |
23.2% |
D277E (GAC→GAA) |
aslA → |
acrylsulfatase‑like enzyme |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,413,436 | 0 | C | A | 23.2%
| 272.3
/ 62.1
| 150 | D277E (GAC→GAA) | aslA | acrylsulfatase‑like enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (37/78); new base A (16/19); total (53/97) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.61e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 150 total aligned reads displayed.
CGAACAACAGGCCATTGCCGACATTACGCCGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCCTC > minE/2413370‑2413490
|
gAACAACAGGCCATTGCCGACATTACGCCGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTa < 1:989890/68‑1 (MQ=255)
gAACAACAGGCCATTGCCGACATTACGCCGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTa < 1:1449873/68‑1 (MQ=255)
aCGCCGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGAt > 1:2587003/1‑68 (MQ=255)
aCGCCGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATg > 1:2149187/1‑69 (MQ=255)
aCGCCGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATg > 1:1672406/1‑69 (MQ=255)
ccGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATgg > 1:2176046/1‑67 (MQ=255)
gAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGaa < 1:373373/69‑1 (MQ=255)
gAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGaa < 1:3396592/69‑1 (MQ=255)
gAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGaa < 1:1529766/69‑1 (MQ=255)
gAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGaa < 1:751269/69‑1 (MQ=255)
atatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCTTCGACAAGATGGCGAagag < 1:1211681/69‑1 (MQ=255)
atatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:3091368/69‑1 (MQ=255)
atatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:2971978/69‑1 (MQ=255)
atatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:3431996/69‑1 (MQ=255)
atatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:419357/69‑1 (MQ=255)
atatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:483202/69‑1 (MQ=255)
atatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:219580/69‑1 (MQ=255)
tatatGTAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:830148/68‑1 (MQ=255)
tatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:846844/68‑1 (MQ=255)
tatatGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAagag < 1:2578360/68‑1 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGtt > 1:652804/1‑43 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:577184/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:3156021/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:2318459/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:3184975/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:2868422/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:310642/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:849273/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:1359169/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:3411628/1‑69 (MQ=255)
tGGAAGACCTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATa > 1:2378867/1‑69 (MQ=255)
gAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATaa > 1:773225/1‑68 (MQ=255)
gAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATaa > 1:3046736/1‑68 (MQ=255)
gAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATaa > 1:1839037/1‑68 (MQ=255)
gAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATaa > 1:1647589/1‑68 (MQ=255)
gAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATaa > 1:571640/1‑68 (MQ=255)
gAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATaa > 1:1419916/1‑68 (MQ=255)
aGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGaaa > 1:2417583/1‑57 (MQ=255)
aGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAag > 1:2176610/1‑58 (MQ=255)
aGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAag > 1:2300705/1‑58 (MQ=255)
aGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAag > 1:592881/1‑58 (MQ=255)
aGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAag > 1:699833/1‑58 (MQ=255)
aGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAag > 1:2454463/1‑58 (MQ=255)
gaccTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATAAGcc > 1:129963/4‑68 (MQ=255)
gaccTGGATCAACGCTGGATGGAATATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGTGATAAGcc > 1:1657991/4‑68 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:2819350/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:3270370/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:3319531/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:3368072/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:2634461/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:55390/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:622972/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:1894818/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:1064973/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:1123932/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:1440745/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:1589381/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:1638802/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:1888868/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:2059199/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:2146955/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:2508495/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCGCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:698390/69‑1 (MQ=255)
gATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGGTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:2333658/69‑1 (MQ=255)
aTCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:3042014/68‑1 (MQ=255)
cTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGAc < 1:2264947/42‑1 (MQ=255)
cTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGAc < 1:3174376/42‑1 (MQ=255)
cTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGAc < 1:1512098/42‑1 (MQ=255)
cTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGAc < 1:3006723/42‑1 (MQ=255)
cTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGAc < 1:3039917/42‑1 (MQ=255)
tGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTc > 1:2438876/1‑38 (MQ=255)
tGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTc > 1:969232/1‑38 (MQ=255)
tGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTc > 1:172955/1‑38 (MQ=255)
tGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTc > 1:2031690/1‑38 (MQ=255)
tGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTc > 1:2062373/1‑38 (MQ=255)
tGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTc > 1:3200053/1‑38 (MQ=255)
tGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGGCAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:1343712/69‑1 (MQ=255)
tGGATCAACGATGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTc > 1:606179/1‑38 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGTCAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:1707151/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAAGCAttct < 1:286/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:866099/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:3334828/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:2100752/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:549259/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:3292998/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:1414689/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:1028673/65‑1 (MQ=255)
tCAACGCTGGAGGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:2636532/65‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCTTTCTTCctc < 1:3395331/69‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCAttct < 1:1095561/64‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:644293/69‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:1582552/69‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:1619879/69‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:1620365/69‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:188549/69‑1 (MQ=255)
cAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:3062209/69‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:441144/59‑1 (MQ=255)
aaCGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:2513553/68‑1 (MQ=255)
aCGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCctc < 1:2187297/67‑1 (MQ=255)
ggatggaCTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCa < 1:2715224/53‑1 (MQ=255)
|
CGAACAACAGGCCATTGCCGACATTACGCCGAAATATATGGAAGATCTGGATCAACGCTGGATGGACTATGGCGTTAAGTTCCTCGACAAGATGGCGAAGAGCGATAAACCATTCTTCCTC > minE/2413370‑2413490
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
