Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,420,823 |
G→T |
34.7% |
T89K (ACA→AAA) |
rffT ← |
TDP‑Fuc4NAc:lipidII transferase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,420,823 | 0 | G | T | 34.7%
| 74.9
/ 49.7
| 72 | T89K (ACA→AAA) | rffT | TDP‑Fuc4NAc:lipidII transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (16/31); new base T (12/13); total (28/44) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.12e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
CCCCCCAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCTTTTGCTTTCGCGATGACCG > minE/2420758‑2420889
|
ccccccAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTgg > 1:3280826/1‑69 (MQ=255)
ccccccAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTgg > 1:2649841/1‑69 (MQ=255)
cAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:738138/69‑1 (MQ=255)
cAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:3430113/69‑1 (MQ=255)
tatGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt > 1:3257395/1‑69 (MQ=255)
tatGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt > 1:2777244/1‑69 (MQ=255)
tatGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt > 1:3212204/1‑69 (MQ=255)
atGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTg > 1:128402/1‑69 (MQ=255)
atGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTg > 1:3281930/1‑69 (MQ=255)
atGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTg > 1:1654880/1‑69 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGGTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:21331/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCAGAGTGTGGGATTGAACt > 1:1300401/1‑65 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:2607598/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:198908/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:3074760/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:25473/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:2926763/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:1415529/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:948616/65‑1 (MQ=255)
ccAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGAAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt > 1:1104390/1‑65 (MQ=255)
ggctggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACt < 1:2948274/54‑1 (MQ=255)
ggctggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGaaaa < 1:362607/69‑1 (MQ=255)
ggctggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGaaaa < 1:819893/69‑1 (MQ=255)
ggctggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGaaaa < 1:2797900/69‑1 (MQ=255)
tggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑c < 1:1728389/69‑1 (MQ=255)
tggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑c < 1:2122997/69‑1 (MQ=255)
tggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑c < 1:478020/69‑1 (MQ=255)
tggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑c < 1:1136496/69‑1 (MQ=255)
tggGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑c < 1:1067098/69‑1 (MQ=255)
gggCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑c < 1:154240/68‑1 (MQ=255)
tAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑Cgctgct < 1:1612380/69‑1 (MQ=255)
gCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGaaaa > 1:3392226/1‑56 (MQ=255)
gCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGaaaa > 1:1754725/1‑56 (MQ=255)
gCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGaaaa > 1:1559317/1‑56 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:986608/36‑1 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:3056655/36‑1 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:3031565/36‑1 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:530318/36‑1 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:677237/36‑1 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:2795513/36‑1 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:2032307/36‑1 (MQ=255)
ccaccaCTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTg < 1:2148207/36‑1 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1511360/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:166700/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1877132/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1993513/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:1608112/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:152866/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:3228948/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:712307/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:806730/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:829179/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACg > 1:2630389/1‑67 (MQ=255)
caccacTCAGCAGAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAATCGCTGCTGACg > 1:975028/1‑68 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTTGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:1029834/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:352843/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:1285890/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:420154/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:1683996/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2018374/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:3253527/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2073240/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:3064301/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2995508/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2697143/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2810000/60‑1 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCtttt > 1:493543/1‑69 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCtttt > 1:2299151/1‑69 (MQ=255)
agcagAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCtttt > 1:1344158/1‑69 (MQ=255)
agccaCAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCTTTTGCTTTcgcg < 1:1395158/69‑1 (MQ=255)
agccaCAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCTTTTGCTTTcgcg < 1:833211/69‑1 (MQ=255)
ccaCAGTTTGGGATTGAACTGACCGTGGAAAAAAAAT‑CGCTGCTGACgg < 1:2506587/49‑1 (MQ=38)
gtgtGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCTTTTGCTTTCGCGATGACCg > 1:928875/1‑69 (MQ=255)
|
CCCCCCAGATATGCCAGAAAAACTGGCTGGGCTTAATGCCACCACTCAGCAGAGCCAGCCACAGTGTGGGATTGAACTGACCGTGGAAGAAAAAA‑CGCTGCTGACGGTTAGCTTTTGCTTTCGCGATGACCG > minE/2420758‑2420889
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
