Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,444,290 |
T→A |
23.3% |
V282V (GTA→GTT) |
ilvD ← |
dihydroxyacid dehydratase |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,444,290 | 0 | T | A | 23.3%
| 224.4
/ 65.1
| 133 | V282V (GTA→GTT) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/59); new base A (9/22); total (52/81) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.13e-01 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 |
Only 100 of 137 total aligned reads displayed.
TATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGC > minE/2444229‑2444358
|
tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:110718/69‑1 (MQ=255)
tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:169910/69‑1 (MQ=255)
tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:34075/69‑1 (MQ=255)
tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:838515/69‑1 (MQ=255)
tATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGgtgt < 1:666290/69‑1 (MQ=255)
aTCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGtt > 1:3080372/1‑69 (MQ=255)
aTCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGtt > 1:582587/1‑69 (MQ=255)
tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:40055/69‑1 (MQ=255)
tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:2250569/69‑1 (MQ=255)
tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:3313666/69‑1 (MQ=255)
tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:542765/69‑1 (MQ=255)
tatCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCg < 1:1052933/69‑1 (MQ=255)
atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1250277/69‑1 (MQ=255)
atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:870917/69‑1 (MQ=255)
atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1145973/69‑1 (MQ=255)
atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:2282680/69‑1 (MQ=255)
atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:1120138/69‑1 (MQ=255)
atCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:3006777/69‑1 (MQ=255)
tCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:3095298/68‑1 (MQ=255)
tCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGa < 1:2626097/68‑1 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:1342026/1‑62 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2373600/1‑62 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2519358/1‑62 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAg > 1:2487881/1‑62 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:92115/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2276012/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:2696309/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:908091/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:975462/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:613927/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1067960/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1791657/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1645072/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1587010/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATcc > 1:1960202/1‑69 (MQ=255)
aCTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATc > 1:2887725/1‑68 (MQ=255)
tCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCa < 1:476564/68‑1 (MQ=255)
tCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCa < 1:365171/68‑1 (MQ=255)
gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:491877/67‑1 (MQ=255)
gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:445741/67‑1 (MQ=255)
gTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCa < 1:795484/67‑1 (MQ=255)
gAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc < 1:3133795/69‑1 (MQ=255)
aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:3190702/1‑68 (MQ=255)
aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:1387033/1‑68 (MQ=255)
aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:2553573/1‑68 (MQ=255)
aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:2799613/1‑68 (MQ=255)
aaGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgc > 1:3330771/1‑68 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGGAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:877466/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:1531284/1‑69 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:3167431/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:3132633/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:905273/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:3280427/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1856942/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1217358/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:2007812/1‑69 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:248414/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:58100/1‑69 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:259324/69‑1 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat > 1:25295/1‑69 (MQ=255)
gTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGat < 1:1952884/69‑1 (MQ=255)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:425013/1‑44 (MQ=38)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:2192215/1‑44 (MQ=38)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:672757/1‑44 (MQ=38)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:3188165/1‑44 (MQ=38)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:2410223/1‑44 (MQ=38)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:3015099/1‑44 (MQ=38)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:286267/1‑44 (MQ=38)
gATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGgtgt > 1:2872619/1‑44 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTATGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:216306/46‑1 (MQ=37)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:634495/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1132916/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:2102525/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1185810/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1990353/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:774851/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:68881/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1806061/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:2533641/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1937471/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:3413763/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:934388/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1923346/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1519161/46‑1 (MQ=38)
tttCCGCTTCCTGCGCCGCAGCCAGTAGGTGAAGAACGGTGTTGGt < 1:1251074/46‑1 (MQ=25)
ccGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGc > 1:2882055/1‑68 (MQ=255)
gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:72056/68‑1 (MQ=255)
gCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGt < 1:208747/68‑1 (MQ=255)
ccTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATgg > 1:467231/1‑69 (MQ=255)
ccTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATgg > 1:744583/1‑69 (MQ=255)
gccgccAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCa < 1:671824/69‑1 (MQ=255)
gccgccAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCa < 1:224176/69‑1 (MQ=255)
agcagGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATcgcg > 1:273990/1‑39 (MQ=255)
ggTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCt < 1:2687398/69‑1 (MQ=255)
gTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCtt < 1:1352065/69‑1 (MQ=255)
gTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGACtt < 1:388833/69‑1 (MQ=255)
gAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTAc > 1:388425/1‑69 (MQ=255)
tACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGc < 1:1052730/69‑1 (MQ=255)
tACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGc < 1:27947/69‑1 (MQ=255)
tACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGc < 1:3087265/69‑1 (MQ=255)
|
TATCGATATCACTCATGGTGAAGTCGATTTCCGCTTCCTGCGCCGCCGCCAGCAGGTGAAGTACGGTGTTAGTCGATCCACCCATCGCGATATCCAGCGTCATGGCGTTTTCAAACGCCGCCTTACTGGC > minE/2444229‑2444358
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
