Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,494,338 |
T→C |
100% |
L116L (TTG→CTG) |
ibpA → |
heat shock chaperone |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,494,338 | 0 | T | C | 80.2%
| 96.3
/ 13.5
| 65 | L116L (TTG→CTG) | ibpA | heat shock chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/10); new base C (0/52); total (3/62) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.55e-03 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
TTGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGATTCCGGAAGCGAAAAAACCGCGCCGTATCGAAATCAACT > minE/2494276‑2494404
|
ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:731889/66‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:111023/66‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:3398715/66‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:1311878/66‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:1355661/66‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:3209615/66‑1 (MQ=255)
ttGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:3139133/66‑1 (MQ=255)
gCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCg < 1:2246706/69‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTTCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2145159/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3158321/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2192341/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2470830/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1030271/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2509396/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:25871/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2688506/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:271027/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2938271/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3130527/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2496558/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3238434/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3258053/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:3376702/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:378658/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:848692/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2021994/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1502923/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1612116/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1901243/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:1981571/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2018113/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2070315/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCAGCTGTATATCGATCTCGAAc < 1:2439223/65‑1 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGt > 1:3368880/1‑69 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGt > 1:1448808/1‑69 (MQ=255)
aGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGt > 1:1679795/1‑69 (MQ=255)
gCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGc < 1:1961136/46‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTTTTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1760590/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3367822/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2323544/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1257270/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1173193/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:500702/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:567861/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:602162/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:665187/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:706447/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:802622/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:817144/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1089280/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3313112/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3293862/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1466038/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1494605/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1521709/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1545526/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3042379/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:3009332/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2988773/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2788468/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2623882/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:2257952/69‑1 (MQ=255)
tGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1910193/69‑1 (MQ=255)
gagaACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTGAATGGTCTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGAt < 1:1466336/68‑1 (MQ=255)
gTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGATTCCGGAAGCGAAAAAACCGCGCCGTATCGAAATCAACt < 1:1090544/69‑1 (MQ=255)
|
TTGAACGCAAATTCCAGTTAGCTGAGAACATTCATGTTCGTGGTGCTAACCTGGTAAATGGTTTGCTGTATATCGATCTCGAACGCGTGATTCCGGAAGCGAAAAAACCGCGCCGTATCGAAATCAACT > minE/2494276‑2494404
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
