Sample Resequencing Stats
Note: The mutation counts shown below represent unfiltered mutation sets.
| ALE, Flask, Isolate |
Predicted Mutations |
Mean Coverage |
Total Reads |
Percent Mapped |
Mapped Reads |
Average Read Length |
|
A2 F1 I0 R1
|
4577 |
57.4 |
3436498 |
77.7% |
2670158 |
63.4 |
Breseq alignment
BRESEQ :: Evidence
|
| evidence |
seq id |
position |
mutation |
freq |
annotation |
gene |
description |
| RA |
minE |
2,498,633 |
T→G |
34.3% |
V391V (GTT→GTG) |
ilvB → |
acetolactate synthase I, large subunit |
|
| |
seq id |
position |
ref |
new |
freq |
score (cons/poly) |
reads |
annotation |
genes |
product |
| * | minE | 2,498,633 | 0 | T | G | 34.3%
| 53.0
/ 49.2
| 67 | V391V (GTT→GTG) | ilvB | acetolactate synthase I, large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (25/19); new base G (7/16); total (32/35) |
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.03e-02 |
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
ACGGCCTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGG > minE/2498572‑2498701
|
aCGGCCTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTg > 1:3127527/1‑63 (MQ=255)
aCGGCCTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTg > 1:198969/1‑63 (MQ=255)
aCGGCCTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTg > 1:1690332/1‑63 (MQ=255)
aCGGCCTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTg > 1:1416763/1‑63 (MQ=255)
aCGGCCTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTg > 1:3418462/1‑63 (MQ=255)
cTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCa > 1:2533154/1‑68 (MQ=255)
cTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAg > 1:2475401/1‑69 (MQ=255)
cAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGAtgtg < 1:426780/69‑1 (MQ=255)
cAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGAtg < 1:2639264/67‑1 (MQ=255)
cAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGAtg < 1:2994658/67‑1 (MQ=255)
cAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGAtg < 1:1934816/67‑1 (MQ=255)
cAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGAtg < 1:2136006/67‑1 (MQ=255)
cAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGAtg < 1:2939234/67‑1 (MQ=255)
tGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCa < 1:3373606/69‑1 (MQ=255)
tGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCa < 1:1726679/69‑1 (MQ=255)
cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa < 1:429952/69‑1 (MQ=255)
cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa < 1:3342673/69‑1 (MQ=255)
cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa > 1:323637/1‑69 (MQ=255)
cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa > 1:1141094/1‑69 (MQ=255)
cTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTa < 1:2076421/69‑1 (MQ=255)
gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:498126/1‑69 (MQ=255)
gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:1488751/1‑69 (MQ=255)
gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:2763560/1‑69 (MQ=255)
gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:275021/1‑69 (MQ=255)
gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:1180360/1‑69 (MQ=255)
gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:297135/1‑69 (MQ=255)
gtgtCGATGACAATGCGATTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATc > 1:1179183/1‑69 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAg > 1:3364768/1‑36 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAg > 1:1275492/1‑36 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGGATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:1968724/1‑69 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCt > 1:2834901/1‑68 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:1562188/1‑69 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:598057/1‑69 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:652412/1‑69 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:1291139/1‑69 (MQ=255)
gATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTc > 1:2658164/1‑69 (MQ=255)
aaTGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCaa > 1:1053287/1‑51 (MQ=255)
aaTGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAg > 1:989706/1‑52 (MQ=255)
aaTGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAg < 1:2623376/52‑1 (MQ=255)
aaTGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAg < 1:1391755/52‑1 (MQ=255)
aaTGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAg > 1:1648264/1‑52 (MQ=255)
aaTGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAg > 1:1781710/1‑52 (MQ=255)
gCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATAGcc > 1:1019774/1‑67 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCTCTCAATCGccc < 1:204628/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCACTCGccc < 1:3463/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:3319656/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1578970/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1577656/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:373539/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:479309/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:3415227/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:533057/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:2693/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1917228/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:1975392/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:3087664/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:2085378/65‑1 (MQ=255)
aTTATCACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCCTATCCGCTCAATCGccc < 1:2665709/65‑1 (MQ=255)
aTTATAACCACCGACGTGGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGACTATCCGCTCAATCGccc < 1:67214/65‑1 (MQ=255)
tATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCTGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGcc < 1:2051233/68‑1 (MQ=255)
tATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGcc < 1:1613160/68‑1 (MQ=255)
tATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGcc < 1:1321695/68‑1 (MQ=255)
aTCACCACTGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAg > 1:2314814/1‑69 (MQ=255)
aTCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAg > 1:217958/1‑69 (MQ=255)
ctccGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCGCAATCGCCCACGCCAGTGGCt < 1:383380/67‑1 (MQ=255)
caccGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCt < 1:39184/69‑1 (MQ=255)
caccGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCt < 1:1527736/69‑1 (MQ=255)
tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:258777/1‑69 (MQ=255)
tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:251198/1‑69 (MQ=255)
tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:3114867/1‑69 (MQ=255)
tGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCgg > 1:3096622/1‑69 (MQ=255)
|
ACGGCCTGATCAACGCCGTTGCCGCCTGTGTCGATGACAATGCAATTATCACCACCGACGTTGGTCAGCATCAGATGTGGACCGCGCAAGCTTATCCGCTCAATCGCCCACGCCAGTGGCTGACCTCCGG > minE/2498572‑2498701
|
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
GATK/CNVnator alignment
N/A
